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使用生物磁珠提取核酸過程中常見的誤區(qū)

瀏覽次數(shù):885 發(fā)布日期:2024-3-25  來源:上海領(lǐng)駿
使用生物磁珠提取核酸,在國內(nèi)還屬于較為新穎的核酸提取方式,相比于傳統(tǒng)的氯仿異戊醇抽提法和離心柱試劑盒法,這種方法還有很多人不慎了解,在使用磁珠法提純核酸的過程中,也存在著一些誤區(qū)。

誤區(qū)一:磁珠使用越多,提取效果越好
提取效果不佳時,實驗人員會考慮增加磁珠的用量,認(rèn)為磁珠多加一點,可以吸附更多的核酸,但這種想法是不可取的。
磁珠的主要特點是既可以分散于液體中,也可以在外加磁場作用下使固液相分離,任何試劑體系,磁珠和液體的比例都應(yīng)該是有一定閾值的,超過一定的比例,過多的磁珠將因為無法均勻分散于液體中,而喪失其分散的特性,也使得洗滌過程中無法充分增加核酸磁珠和液體接觸的效率。而過量的磁珠也會吸附更多的雜質(zhì),對于除雜的效果影響非常大。甚至有些時候,過多的磁珠會吸附蛋白酶、溶菌酶等在液體體系中起主要作用的功能成分,導(dǎo)致整個試劑盒效率低下。有很多時候,在提取效果不佳的時候,減少磁珠使用量,反而是提升提取效果的最優(yōu)途徑。

誤區(qū)二:試劑使用的越多,提取效果越好
裂解效果不好?增加裂解液使用量。這是很多客戶在使用試劑盒中的慣性思維,但是對于磁珠法而言,每增加一部分液體體積,就減少了更多的磁珠碰撞幾率,而降低磁珠碰撞幾率,會導(dǎo)致吸附率的大幅度下降。所以很多時候,雖然增加裂解液和洗滌液確實能夠起到增強裂解和增強洗滌的作用,但磁珠法提取的核心是磁珠吸附核酸的效率,無法保證磁珠碰撞效率是不能保證核酸提取效率的,所以單純增加試劑使用量改善提取效果并不一定完全有效。

誤區(qū)三:洗滌次數(shù)越多,提取效果越好
提取得到的核酸雜質(zhì)過多時,使用者會考慮多進行幾次洗滌,以得到更為純凈的核酸。增加洗滌次數(shù)確實有利于提純核酸,但考慮到每次洗滌都會損失一定量的核酸,且增加了核酸斷裂的可能性,所以一般來說洗滌次數(shù)控制在2~4次為宜。

誤區(qū)四:樣本取用的越多,提取效果越好
在樣本不夠新鮮或者核酸含量本身就很少的情況下,往往核酸提取效果不好,會采用多取樣本的方式增加核酸提取量。但簡單地增加樣本取樣量,有時會引入過多的雜質(zhì),超出裂解液裂解能力,也會使提取效率降低,所以并不推薦通過簡單的增加樣本取樣量的方式來達(dá)到增加提取量的目的。
如果確實是由于樣本量不足而引起的提取量過低,建議在前處理先經(jīng)過富集或者濃縮步驟再開始提取;或者增加裂解的完全性,使更多的核酸暴露出來也是一種解決方法。

誤區(qū)五:某一種磁珠好,就應(yīng)該在所有實驗中效果都好
磁珠的種類是多種多樣的,粒徑大小不同,分散性不同,磁響應(yīng)時間不同,包被基礎(chǔ)基質(zhì)不同,外層修飾官能團不同,包被密度不同,官能團臂長不同,會導(dǎo)致磁珠特性千差萬別,所以不同磁珠所適應(yīng)的實驗和體系也是不同的。就像同樣是核酸提取的試劑,配方也并不完全相同,同樣應(yīng)用于核酸提取的磁珠,性質(zhì)也并非完全一致。
有的磁珠在常量核酸提取中表現(xiàn)出了更高的吸附效率,有的磁珠更適用于微量核酸提取,有的磁珠適合偏酸性系列的試劑體系,有的磁珠適合偏堿性系列的試劑體系,有的磁珠磁響應(yīng)性好但是沉降速度快,有的磁珠沉降速度慢但是磁響應(yīng)時間長。很少有一種磁珠能適用于所有實驗的情況,除了固定的試劑盒配合,多數(shù)情況下,磁珠和試劑體系都要做一定時間的配合調(diào)整。

誤區(qū)六:和某種試劑盒對比效果不好,就是磁珠不好
很多客戶在篩選磁珠過程中都是在已經(jīng)成熟試劑體系下,簡單地等量替換磁珠,用于比較磁珠效果。這樣就會很容易得出某種磁珠效果不好的結(jié)論,但實際上,由于不同磁珠適合的體系和用量是不同的,往往需要調(diào)整過后才能獲得更好的提取效果。
上海領(lǐng)駿生物科技有限公司成立于2016年,位于上海市青浦區(qū)張江云立方園區(qū)。公司長期致力于生物領(lǐng)域內(nèi)相關(guān)產(chǎn)品的研發(fā)、生產(chǎn)和銷售,產(chǎn)品主要包括磁性納米材料和磁珠法核酸提取純化試劑。公司一直堅持以“質(zhì)量、誠信、團結(jié)、奮進”為宗旨,嚴(yán)格規(guī)范質(zhì)量管理體系,持續(xù)創(chuàng)新、精益求精,為客戶提供優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品和服務(wù),被認(rèn)定為國家級高新技術(shù)企業(yè)和上海市專精特新企業(yè)。
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標(biāo)簽: 磁珠法核酸提取
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