霍亂毒素由（Cholera toxin,CT）兩個亞單位組成，即A亞單位（CTA）和B亞單位（CTB）。A亞單位是霍亂毒素的活性部分，B亞單位的主要功能是通過與哺乳動物小腸上皮細胞上的單唾液酸神經節苷脂GM1結合而使得A亞單位進入細胞。霍亂毒素由霍亂操縱子（ctx）編碼，從5到3方向，依次是反激活因子ToxR的識別序列、啟動子、A基因（ctxA）、B基因（ctxB）和不依賴于r因子的轉錄終止系列。現在普遍認為操縱子中只有一個啟動子，ctxA和ctxB位于同一個轉錄單位中。在霍亂弧菌中，ctxB基因的表達水平是ctxA 基因的5倍，克隆的ctx操縱子在大腸桿菌中表達時，B基因的表達水平是A基因的6倍以上。

但曹誠等研究發現，霍亂毒素B亞單位基因上游Xbal~Clal限制性片段內（即在霍亂毒素A亞基結構基因內部）存在具有啟動子活性的序列。在該啟動子的控制下霍亂毒素B亞基因可以高效表達，該啟動子的存在可能是霍亂弧菌和大腸桿菌中CTB亞基的表達產量分別是CTA亞基的6倍和7倍的原因。

霍亂毒素B亞單位（www.absin.cn）基因（CtxB）序列長約380bp，一共編碼124個氨基酸，其中前21個氨基酸為信號肽序列。對CtxB基因編碼的124個氨基酸序列進行計算機軟件二級結構預測分析，前17個氨基酸具有明顯疏水性，形成一個a螺旋和一個b折疊。第21位的Gly和Thr親水性較強，露于分子表面，有利于信號肽酶的切割。

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