現代病理學中免疫組織化學技術、電子顯微鏡技術以及其它細胞及分子生物學技術應用日益廣泛， 這些技術要求一定的實驗條件和試劑，如市面上使用廣泛的徠卡染色機及其配套的徠卡透明試劑。相對而言，組織化學技術則具有無需復雜的實驗條件和試劑、操作又比較簡單的優勢，在臨床病理學診斷中具有重要的應用價值。
組織化學染色的方法很多，這里僅介紹幾種常用的組織化學染色在病理診斷中的應用。

一、膠原纖維的染色
凡是間葉組織細胞都可產生網織纖維，也可產生膠原纖維，纖維母細胞是產生膠原纖維的主要細胞。膠原纖維是結締組織中的主要纖維，是結締組織中起支持作用的重要部分，具有一定的韌性和堅固性，能抵抗一定的牽引力而不致撕裂。膠原纖維是原膠原互相錯開1/4平行排列交聯成膠原原纖維，膠原原纖維再聚合成較寬的結構。按膠原的化學成分可分為15種，間質中的膠原纖維主要由I、Ⅱ、Ⅲ型膠原組成，新鮮時呈白色，故又稱為白纖維。在HE染色中呈均一的粉紅色，與周圍間質區分不是很清楚。用染色液進行染色后，便可明顯區別開來，易于觀察病變時膠原纖維的變化。
應用：
(1)器官硬化性疾病的觀察：如肝硬變、心肌瘢痕的觀察，膠原染色更易于觀察診斷。
(2)瘢痕與淀粉樣物質鑒別：前者膠原纖維染色為陽性，后者為陰性。
(3)骨纖維異常增殖病與骨纖維化的鑒別：利用膠原纖維染色可較易觀察前者膠原纖維紊亂，縱橫交錯，后者較規則。

  二、彈力纖維染色
  彈力纖維是結締組織發生形成較晚的一種纖維，在創傷修復中一般在4——5周才有較明顯的彈力纖維形成。彈力纖維艱固、較小而彈性較大，容易伸展，在結締組織起彈性作用。彈力纖維由彈性蛋白組成，新鮮時呈黃色又稱黃纖維。彈力纖維纖維分枝連成網，折光性強，含量多時在HE染片上呈折光性強的粉紅色，量少的不顯色。故量多時與膠原纖維不易區別，量少則不能觀察。彈力纖維染色主要用于觀察彈力纖維有無增生、腫脹、斷裂、破碎及萎縮或缺如等病變。
  應用：
  (1）動靜脈的辨認：在血管病變時是動脈還是靜脈以及是否為血管壁難辨認時，彈力纖維染色有助于辨認。有彈力板者為動脈，有彈力纖維構成血管輪廓者為血管。彈力纖維抗損傷能力較強，故彈力性纖維構成血管輪廓不易損壞。
（2）心血管先天性彈力組織增生，這組疾病有先天性內膜炎及冠狀動脈的彈力纖維組織增生。彈力纖維染色有助于診斷。
（3）彈力纖維損傷性疾病：這組疾病有肺氣腫、動脈粥樣硬化、大動脈中層炎癥等，彈力纖維染色有助于這些疾病的觀察診斷。
（4）一些與彈力纖維變化有關的皮膚疾病的診斷與鑒別診斷：這組疾病有皮膚松馳癥，萎縮性硬化性苔蘚等，其診斷與鑒別診斷常依賴于彈力纖維染色，以觀察彈力纖維變化。

三、色素染色（含鐵血黃素及黑色素）
含鐵血黃素是由漏出于血管外的紅細胞，被巨噬細胞吞噬后，分解血紅蛋白產生的顆粒，HE染色為棕黃色，故稱為含鐵血黃素。因有時與福爾馬林沉渣及黑色素等難相區別，故做含鐵血黃素染色。
應用：
主要用于同其它色素鑒別，若為陽性，顯示陳舊性出血。
黑色素常見于皮膚色素細胞，惡性黑色素瘤常可產生黑色素。組織內大量存在時呈棕黑色，易于鑒別。但少量存在時便難與其它色素相鑒別，須作黑色素染色。
  應用：
（1）黑色素瘤的診斷與鑒別診斷：腫瘤細胞內色素是否為黑色素，染黑色素有助于確定黑色素性質及腫瘤的定性診斷。
（2）血色病與黑便病：真皮內有色素沉著，黑色素陰性而含鐵血黃素陽性者可能為前者。