研究背景

原發性干燥綜合征（pSS）是一種由于外分泌腺紊亂引起的自身免疫性疾病，最典型的臨床表現為口眼由于唾液腺和淚腺原因而導致的異常干燥。LncRNA是目前轉錄組學研究的熱點，但是，lncRNA是否與pSS的發病有關，目前還沒有相關報道，來自上海第九人民醫院的研究人員，通過唾液腺中lncRNA的表達模式研究，闡述了lncRNA在干燥綜合征中的作用。

研究結果

1. pSS特異性差異表達lncRNA篩選

為了篩選和pSS疾病相關的lncRNA，研究人員用4個病人的唾液腺樣本和正常配對樣本進行lncRNA表達譜芯片篩選（SBC human lncRNA V5 array，伯豪提供），共篩選到1243個差異lncRNA和1457個差異mRNA。其中，有890個lncRNA和1141個mRNA表達上調，353個lncRNA和316個mRNA表達下調。因此，在pSS病人中，在轉錄組層面，確實有大量的lncRNA和mRNA表達異常。

為驗證芯片結果可靠性，研究人員對其中的9個lncRNA，在額外的30個pSS病人和16個正常人的唾液腺樣本進行了qRT-PCR驗證。結果顯示，除了n341833外，其他lncRNA差異都與芯片結果吻合。該結果很好地證明了從芯片篩選到的差異lncRNA的可靠性。

2. 差異lncRNA與臨床指標關聯分析

通過對上訴驗證出來的差異lncRNA與臨床指標關聯分析，研究人員發現如微球蛋白，紅細胞沉降率，RF，IgA, IgM等指標與相應的lncRNA表達存在關聯。該結果表明，對于這些差異lncRNA，他們的表達可以作為潛在的臨床診斷指標。

3. 差異mRNA功能預測

為理解pSS病人中差異表達mRNA的生物學功能，研究人員進行了GO和pathway富集分析。結果顯示，上調的mRNA與質膜，突觸免疫，MHC class II蛋白復合體相關，主要參與免疫反饋，炎癥反饋等生物學功能，涉及到的通路包括graft-versus-host disease, cytokine-cytokine receptor interactions，cell adhesion molecules等。該結果很好地說明了在pSS病人唾液腺中相關免疫炎癥相關的基因表達變化。

4. lncRNA與mRNA關聯分析

為了進一步理解pSS中的差異表達lncRNA的生物學功能，研究人員把差異lncRNA和mRNA進行共表達分析，共篩選到28個與8個lncRNA相關的mRNA。這些基因包括與chemokine signaling pathways, the nuclear factor-kappa B (NF-Κb) signaling pathway, TNF signaling pathway等相關的ICAM1，TLR9，TRAF1，CCL20和CD19等基因。該結果表明，在pSS病人中，這些lncRNA可能是通過影響這些免疫相關的生物學通路發揮作用。

研究結論

該研究首先通過病人與正常人唾液腺樣本，篩選了pSS疾病相關的差異lncRNA和mRNA。通過大量樣本驗證和臨床指標關聯分析，將lncRNA與臨床診斷結合在了一起。運用共表達分析和功能預測，為pSS唾液腺中的差異lncRNA的生物學功能理解提供了依據。可以看到，在目前如火如荼的lncRNA研究時代，只要你能充分利用高通量篩選數據，4分左右的文章是能非常容易搞定的。

原文出處：
Shi H, Cao N, Pu Y, Xie L, Zheng L, Yu C. Long non-coding RNA expression profile in minor salivary gland of primary Sjögren's syndrome. Arthritis Res Ther.2016.