DNA處理
BSP：首先使用亞硫酸氫鈉處理基因組DNA，將未發生甲基化的胞嘧啶轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不變 。
MSP：同樣開始于亞硫酸氫鈉處理，但主要區別在于后續的PCR擴增步驟，MSP使用一對特異性引物針對甲基化和非甲基化序列進行PCR擴增 。

引物設計
BSP：設計BSP引物，擴增片段長度通常為300-500bp，并且引物設計時不能含有CpG位點 。
MSP：設計兩對引物，一對針對甲基化DNA（M primer），一對針對非甲基化DNA（U primer），擴增后通過電泳分析確定DNA序列的甲基化狀態 。

PCR擴增
BSP：進行PCR擴增后，產物直接測序或克隆測序，分析甲基化頻率 。
MSP：使用M和U引物分別進行PCR，通過瓊脂糖凝膠電泳分析擴增片段，判斷甲基化狀態 。

結果分析
BSP：通過測序結果，可以明確每個CpG位點的甲基化狀態，提供精確的定量分析 。
MSP：通過電泳帶的存在與否來判斷特定位點是否存在甲基化，是一種定性分析方法 。

實驗流程復雜度
BSP：實驗流程較長，包括亞硫酸鹽處理、PCR擴增、克隆、測序等多個步驟，操作較為繁瑣 。
MSP：實驗流程相對簡單，主要包括亞硫酸鹽處理和PCR擴增，適合高通量樣品檢測 。

樣品要求
BSP：對樣品的質量要求較高，需要足夠的DNA量以保證實驗的準確性 。
MSP：對DNA的起始量要求不如BSP嚴格，但同樣需要保證樣品質量 。

應用范圍
BSP：適用于需要精確了解甲基化模式的科研工作，是甲基化檢測的金標準方法 。
MSP：適用于特定基因的快速篩查和大量樣本的分析，操作簡便、成本較低 。

兩種方法各有優勢，BSP提供更精確的甲基化分析，而MSP則因其操作簡便和成本效益高而廣泛應用于高通量篩選。研究人員可以根據實驗目的和條件選擇最合適的技術。