甲殼動物神經肽譜圖庫在DIA數據分析中的應用
數據依賴采集(DIA)由于靈敏度高、重現性好，比較適合神經肽的質譜檢測與鑒定。甲殼類動物由于相對簡單的神經系統而成為神經肽組學研究的經典模型。來自威斯康星大學麥迪遜分校的李靈軍教授團隊從北黃道蟹(Cancer borealis)的腦、心包組織和胸椎神經節組織中分別提取神經肽，采集了其DIA數據，并比較了譜圖庫搜索（Spectral Library）和library-free數據庫搜索對DIA譜圖的解析深度。結果顯示在胸椎神經節組織中，譜圖庫鑒定數量顯著優于數據庫搜索，其他兩種組織無顯著差異。DIA的譜圖庫建立及分析使用PEAKS Online完成，數據庫檢索結合DIA-Umpire和PEAKS Studio完成。
Figure 1 實驗流程
DDA譜圖庫構建DIA數據的譜圖庫搜索重現性高，穩定性好，速度快，但局限性在于需要額外的樣品做多組份分離，消耗額外的時間和成本。本研究中，作者選擇了先前已收集的北黃道蟹組織樣本（包括腦、心包組織、連和神經節、胸椎神經節）的DDA數據來構建譜圖庫。通過PEAKS Online完成17個DDA數據的搜庫，并構建了包含239條神經肽序列（含PTM共333條）的譜圖庫（Figure 2）。該譜圖庫覆蓋了豐度的翻譯后修飾位點，并且m/z分布于先前報道的一致。
Figure 2 譜圖庫統計
DIA數據分析
譜圖庫分析直接在PEAKA Online軟件中完成，直接數據庫搜索先通過DIA-Umpire對數據解卷積然后用PEAKS Studio完成搜庫（Tips:PEAKS Online和PEAKS Studio均可直接對DIA數據進行數據庫搜索，不需要其他軟件預處理哦~)。如Figure 3的對比結果所示，對于本次采集的神經肽DIA數據，譜圖庫搜索能鑒定到更多肽段，胸椎神經節組織（TG）差異更加顯著。此外，從腦和心包組織的結果對比可以看出（Figure 3 B-C），譜圖庫和直接數據庫搜索可以結合使用，作為互補，達到更深度的DIA譜圖解析效果。相對來說，譜圖庫檢索的重現性更加穩定（Figure 4）。
Figure 3 譜圖庫和直接數據庫DIA數據分析結果對比
（PO：心包組織，TG：胸椎神經節組織）
Figure 4 譜圖庫與直接數據庫檢索重現性
小結本研究的結果表明，即使沒有針對同批樣本的DDA多餾分數據作為譜圖庫，利用同類樣本已獲得的前期DDA數據構建譜圖庫也是一種高效、可行的方法，并且無需消耗額外的樣品和機時。盡管譜圖庫的構建也受限于多種因素，但該方法在本研究中，對于神經肽的鑒定提供了可靠的結果，并且PTMs的鑒定和位點定位也很準確。此外，譜圖庫和直接數據庫檢索結合使用不失為一種更加全面的方法。
# 小提示#PEAKS Online和PEAKS Studio作為提供一站式質譜數據分析解決方案的軟件，整合了所有DDA和DIA數據分析工作流，支持絕大部分廠商的質譜儀原始數據直接分析，無需任何第三方軟件的格式轉換。
工作流中的所有功能模塊均可自由勾選，數據分析怎么做，由您自己定義！
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