使用SBC ToolBox云平臺(tái)時(shí)間序列分析模塊探索基因集在不同時(shí)間點(diǎn)的表達(dá)趨勢(shì)，使用c-means算法對(duì)基因集進(jìn)行聚類分群，尋找出表達(dá)趨勢(shì)一致的基因集。SBC ToolBox云平臺(tái)超快響應(yīng)，分分鐘獲取分析結(jié)果。

 

如何使用SBC ToolBox云平臺(tái)進(jìn)行時(shí)間序列分析？

 

 

進(jìn)入時(shí)間序列模

 

a) 登錄SBC ToolBox官方網(wǎng)址：

https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

 

進(jìn)入VIP專區(qū)，點(diǎn)擊時(shí)間序列分析模塊即可進(jìn)入App。

 

b) 也可以直接登錄站點(diǎn)：

https://www4.shbiochip.com/V2023/svip/TSA/

 

c) 此模塊僅提供給VIP用戶，已有賬戶直接登錄，沒(méi)有賬戶這里可以點(diǎn)擊注冊(cè)申請(qǐng)，申請(qǐng)審核通過(guò)后會(huì)郵件和短信通知VIP注冊(cè)用戶。

 

 

實(shí)戰(zhàn)

 

a) 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備（數(shù)據(jù)分析思維->充分認(rèn)識(shí)數(shù)據(jù)）：

i.定量數(shù)據(jù)：無(wú)論你的數(shù)據(jù)是RNA定量數(shù)據(jù)、蛋白定量數(shù)據(jù)、代謝定量數(shù)據(jù)、還是其他類型的多特征集多樣本量數(shù)據(jù)，時(shí)間序列分析模塊都能完美駕馭。時(shí)間序列模塊所需的定量數(shù)據(jù)一般長(zhǎng)這個(gè)樣子；第一列為基因集（特征集），剩余列為樣本（觀測(cè)值）對(duì)應(yīng)基因集的定量數(shù)據(jù)。

 

ii. 分組數(shù)據(jù)：無(wú)論你的時(shí)間點(diǎn)組內(nèi)數(shù)據(jù)有重復(fù)樣本，還是沒(méi)有這里都需要提供，主要用于重復(fù)數(shù)據(jù)在組內(nèi)的集中趨勢(shì)評(píng)估，分組數(shù)據(jù)示例如下圖。

 

1.第一列為樣本信息，樣本信息與定量的樣本信息必須一致。

 

2.第二列為樣本對(duì)應(yīng)的分組信息，這里的分組一般是時(shí)間點(diǎn)，時(shí)間點(diǎn)的順序決定了展示在時(shí)間序列趨勢(shì)上的排列順序。

 

3.示例數(shù)據(jù)詳見(jiàn)應(yīng)用操作指南：

 

b) 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備完成，提交分析：

i. 將定量數(shù)據(jù)和對(duì)應(yīng)分組上傳或者拖拽至App數(shù)據(jù)上傳接口（下圖紅框），上傳完成顯示Upload complete，提交分析，看到主頁(yè)面上的小花花開(kāi)始轉(zhuǎn)動(dòng)表示已啟動(dòng)分析。

 

ii.眨眼的功夫，時(shí)間序列分析結(jié)果就展示在你的面前，沒(méi)辦法，SBC ToolBox響應(yīng)就是這么迅速。

 

iii.分析結(jié)果，默認(rèn)情況下基因集（特征集）在不同時(shí)間點(diǎn)上的表達(dá)趨勢(shì)將會(huì)被分成16個(gè)Cluster，此處對(duì)Cluster數(shù)量不滿意可以隨時(shí)進(jìn)行調(diào)整。橫坐標(biāo)表示時(shí)間點(diǎn)順序，縱坐標(biāo)表示基因集在時(shí)間點(diǎn)上的表達(dá)強(qiáng)度（這里做過(guò)中心化（scale）處理）。

 

iv.放大Cluster1觀察細(xì)節(jié)，Cluster1基因集整體表達(dá)隨時(shí)間變化呈現(xiàn)先上升后輕微下降的趨勢(shì)。圖中橫坐標(biāo)展示每個(gè)時(shí)間點(diǎn)，一條線代表一個(gè)基因的在時(shí)間點(diǎn)表達(dá)趨勢(shì)，黑色的先表示整體的集中表達(dá)趨勢(shì)。

 

c) 參數(shù)調(diào)整：

i. 注意事項(xiàng)。

時(shí)間序列模塊默認(rèn)會(huì)對(duì)定量數(shù)據(jù)進(jìn)行l(wèi)og2（x+1）變換，你的數(shù)據(jù)做過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化預(yù)處理，這里可以下拉菜單選擇“否”取消log2（x+1）變換處理。

 

ii. Cluster數(shù)量太多或者太少，這里可以調(diào)整Cluster數(shù)量進(jìn)行設(shè)定重新分析。

這里重新設(shè)定總共Cluster為9，重新提交分析，將原來(lái)的16個(gè)Cluster調(diào)整為9個(gè)Cluster，結(jié)果如上圖所示。

 

iii. 結(jié)果展示行列排列不滿意，這里同樣可以調(diào)整。

 

d) 沒(méi)有重復(fù)數(shù)據(jù)同樣也可以進(jìn)行時(shí)間序列分析，示例如下：

i.定量數(shù)據(jù)（六個(gè)樣本）示例：

 

ii.分組數(shù)據(jù)（將六個(gè)樣本設(shè)置為6組，六個(gè)時(shí)間點(diǎn)）示例：

 

iii.上傳數(shù)據(jù)提交分析，秒出結(jié)果：

不同基因集在六個(gè)時(shí)間點(diǎn)上的表達(dá)趨勢(shì)。

 

 

結(jié)果保存

 

a) 保存圖片，默認(rèn)保存pdf格式：

 

b) 保存基因集數(shù)據(jù)，第一列為基因，第二列為基因集對(duì)應(yīng)Cluster，剩余列為基因中心化后的數(shù)據(jù)，此文件可用于ggplot展示。

 

 

教你使用SBC ToolBox

一鍵完成趨勢(shì)線圖展示美化

 

a) 登錄平行坐標(biāo)圖模塊

官方網(wǎng)址：

https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

 

b) 準(zhǔn)備數(shù)據(jù)

i. 將時(shí)間序列數(shù)據(jù)分成兩個(gè)文件：

1.基因?qū)��?yīng)時(shí)間點(diǎn)表達(dá)強(qiáng)度文件，這里只需要?jiǎng)h除時(shí)間序列結(jié)果中的cluster列即可。

 

2.基因集對(duì)應(yīng)Cluster文件，這里只需要保存時(shí)間序列結(jié)果中基因和基因?qū)��?yīng)Cluster列即可。

 

c) 上傳時(shí)間序列分析數(shù)據(jù)并提交分析，你就可以得到基于ggplot包的可視化結(jié)果，基于sci的顏色搭配，讓你的數(shù)據(jù)展示更上一層樓。數(shù)據(jù)結(jié)果嗖的一下就能完成，立等可取。

 

d) 這里可以調(diào)整時(shí)下熱門暗黑主題。

 

手里有數(shù)據(jù)不要慌，使用SBC ToolBox開(kāi)啟你的數(shù)據(jù)分析之旅，讓數(shù)據(jù)分析so easy。