蛋白質組定量方法之Q定量方法詳解

瀏覽次數：1314　發布日期：2023-8-8　來源：本站　僅供參考，謝絕轉載，否則責任自負

SILAC特征峰對檢測&質量評分

PEAKS Q檢測并且關聯2標或3標，在一定保留時間內具有相同電荷，相似的MS1特征峰型、在預期內的由標記所引起的質量偏移，且處在一定質量誤差范圍內的SILAC特征峰對。為每個SILAC特征對分配一個質量打分（Qulity score），這個打分考慮一系列因素，如特征峰強度，提取離子色譜圖是否具有相似的峰型，以及質量誤差。質量打分越高表明對SILAC對的定量越具有高可信度。

SILAC特征峰對齊& ID-Transfer
SILAC定量的理想情況是從MS/MS譜中能夠獲得足夠的信息得到肽段序列。然而，有時MS/MS信息不足以鑒定肽段，甚至無法獲得。為了對這些特征峰進行鑒定，需要在較為狹窄的質量范圍和保持時間內，通過對齊特征峰的方式從另一次MS run中匹配。因此，首先對齊不同LC-MS的保留時間，然后將ID結果從包含ID信息的Mass run轉移到ID信息不足的Mass run。

單組分析的配對T- 檢驗
配對t-檢驗是集成在PEAKS中的統計工具，用于單組SILAC數據分析。當用戶嘗試評估不同標記狀態之間的蛋白質表達水平是否在重復重復中變化一致時，可以設置單組SILAC實驗。例如，藥物治療的細胞在SILAC重標培養基中生長（條件1），而對照細胞在正常培養基中生長（條件2）。通過LC-MS/MS組合分析條件1的重標蛋白和條件2的輕蛋白，配對t-檢驗可用于分析條件1和2之間的蛋白質水平是否存在顯著差異。一個樣本中的重標特征峰和輕標特征峰在配對t檢驗中被視為一對。

用于多組比較的Welch’s ANOVA分析
ANOVA分析是集成在PEAKS中的統計工具，用于多組間SILAC數據分析。當用戶嘗試評估不同標記狀態之間的蛋白質表達水平是否在多個組中發生變化時，可以設置多組SILAC實驗。例如，藥物治療的細胞在SILAC重標培養基中生長（條件1），而對照細胞在正常培養基中生長（條件2）。在不同的時間點，例如10、15、20天，通過LC-MS/MS組合和分析來自條件1的重標蛋白和來自條件2的輕標蛋白。不同的時間被認為是不同的組，每組應包括至少兩個重復。

如果實驗數據具有不等方差，則經典方差分析非常不穩定。在這種情況下，Welch’s ANOVA分析是經典方差分析的替代品。對于正態、異方差和平衡數據（即每組具有相同數量的樣本），Welch’s ANOVA分析最為有效，并且第一類錯誤率最低。因此，PEAKS SILAC Q采用Welch’s ANOVA分析進行多組比較。