Feature：多肽特征峰及面積的計(jì)算詳解
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PEAKS 中 Peptide Feature Area 的計(jì)算
使用PEAKS進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)搜索，打開數(shù)據(jù)庫(kù)搜索結(jié)果后，您可能會(huì)注意到多肽列表中的“Area”列（圖1）。您可能還會(huì)在PEAKS的非標(biāo)記等定量結(jié)果中注意到此列。本文將解釋PEAKS是如何計(jì)算peptide feature area的。
PEAKS 是如何計(jì)算 Peptide Feature Area 的？
不同的定量工具會(huì)使用不同的方法來計(jì)算peptide feature area。PEAKS使用兩步法來計(jì)算：
在一個(gè)經(jīng)典的LC-MS/MS實(shí)驗(yàn)中，肽會(huì)先從液相色譜柱中洗脫，然后由質(zhì)譜儀檢測(cè)。在一定的保留時(shí)間內(nèi)，肽可以被質(zhì)譜儀檢測(cè)為一系列同位素譜峰（下圖左上）。多肽從色譜柱中洗脫下來，其峰值強(qiáng)度隨著時(shí)間先上升隨后下降。因此在3D視圖中，單個(gè)肽段的feature將呈現(xiàn)出如圖所示的樣子，我們將這些鐘形峰稱為肽段的feature。Peptide feature包括一系列同位素峰相應(yīng)的m/z值、保留時(shí)間范圍和強(qiáng)度，以及離子淌度作為第四維度的信息。
PEAKS 中 Peptide Feature Area 的計(jì)算
使用PEAKS進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)搜索，打開數(shù)據(jù)庫(kù)搜索結(jié)果后，您可能會(huì)注意到多肽列表中的“Area”列（圖1）。您可能還會(huì)在PEAKS的非標(biāo)記等定量結(jié)果中注意到此列。本文將解釋PEAKS是如何計(jì)算peptide feature area的。
PEAKS 是如何計(jì)算 Peptide Feature Area 的？
不同的定量工具會(huì)使用不同的方法來計(jì)算peptide feature area。PEAKS使用兩步法來計(jì)算：
- 根據(jù)洗脫下來的肽或每個(gè)同位素峰產(chǎn)生的信號(hào)繪制曲線，然后計(jì)算曲線下的面積。請(qǐng)注意，PEAKS在計(jì)算曲線下的面積時(shí)使用分鐘作為單位（圖3）。
- 將每種同位素峰的峰面積加起來。PEAKS用戶可以在面積計(jì)算中自定義同位素峰的最大峰數(shù)。
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