PEAKS AB 3.0新版本詳解：從頭測序從抗體到蛋白

瀏覽次數：1408　發布日期：2023-8-4　來源：本站　僅供參考，謝絕轉載，否則責任自負

PEAKS AB 3.0新版本橫空出世！算法全面升級從頭測序功能，從抗體測序飛躍到任意蛋白測序，整合Intact Mass數據驗證測序結果。在從頭測序數據中提供糖基化位點的全景表征。
PEAKS AB使用液相質譜(LC-MS/MS)多酶聯合酶解的數據集中提供蛋白水平的從頭測序自動化方案。從高置信的從頭序列標簽開始，使用de Brujin加權算法組裝完整的蛋白質序列。

新功能

在PEAKS AB 3.0中，提供了全新的功能提高測序準確性和結果呈現，包括:

非抗體蛋白的序列組裝
深度的聚糖全景分析
手工編輯和查找同源序列
先進的完整分子量解卷積分析
支持ZenoTOF儀器的數據

深度的聚糖全景分析
在PEAKS AB 3.0中引入的一個新功能是Glycan Profiling工具。該工具對抗體重鏈和/或輕鏈中鑒定的N-糖基化位點進行深入的聚糖分析。除了精確的糖肽映射到組裝的抗體序列之外，基于酶的聚糖譜學分析顯示了在選定的糖基化位點上每個聚糖的組成和相對豐度。在每個糖肽譜中提供了聚糖組成和結構注釋，并基于與N-鏈接糖基化數據庫匹配聚糖片段離子。

非抗體蛋白從頭測序組裝
在PEAKS AB 3.0中，除抗體外的其他蛋白樣品也可以測序。勾選“使用參考序列(提供一個或兩個FASTA序列)”后的方框，將目標序列添加到下面的白色方框中。
在蛋白測序中，de novo標簽用于組裝未知序列，而提供的參考序列，可用于填補測序的缺失部分。

手工編輯和查找同源序列
序列驗證和手工編輯是任何蛋白質測序項目的重要步驟。測序錯誤可能是由于同源蛋白的背景污染或低覆蓋率和數據質量不好引起的。通過選擇3個或更多的氨基酸，用戶現在可以選擇“查找同源序列”來顯示任何可以映射到該區域的多肽序列可以用于替換。

顯示的備選多肽序列根據每個氨基酸的局部置信度評分進行顏色編碼，以便快速評估多肽序列的結果質量。通過選擇待編輯的氨基酸，然后更改為修改后的序列，點擊“確認更改”將編輯參考序列。在第二輪序列組裝后，從peptide mapping視圖中點擊“apply”，應用這些更改將生成一個新的測序結果節點。

優化的完整分子量解卷積分析

PEAKS AB 3.0先進的解卷積算法可實現自動化、高效和準確的完整分子量分析。對蛋白質進行完整分子量的檢測，以驗證序列組裝的正確性以及判斷任意修飾的個數，如N端焦谷谷氨酸(Gln->Pyro-Glu)，C端賴氨酸截斷(1 * Lys-Trunc)和N-鏈接糖基化(如1 * A2G0F)，如下圖所示。

強化亮氨酸和異亮氨酸三重水平的區分
EThCD或EAD碎片從異亮氨酸的-C2H5 (-29 Da)和亮氨酸的-C3H7 (-43 Da)的特征性丟失中產生標志性的w-ion。PEAKS AB利用這些特征碎片的信息，再加上酶切特異性和同源抗體序列分析，優化了Ile/Leu的區分。在3.0版本中，PEAKS AB加入了對EAD數據的支持，擴充了w-ion的產生來源。