A:想請問一下預測兩個蛋白之間的相互作用有什么方法嗎?

殷賦科技:用蛋白-蛋白對接方法。蛋白-蛋白對接有好多軟件都可以做，比如ZDOCK(Discovery Studio里邊也整合了這個軟件)、Hex、Rosetta。我們平臺將來也會上線這個功能。

B:請問一下大家，做分子對接是怎么收費的呀?

殷賦科技：平臺分子對接收費標準在這里：http://www.yinfotek.com/platform

C:我也想問一下，預測蛋白之間相互作用是否有相應的方法和軟件，怎樣收費?

殷賦科技:ZDOCK免費，Rosetta可以申請學術license。

D:問下vina可以做蛋白對接嗎?

E:可以。

F:效果不好哦。

殷賦科技：一般不用vina做蛋白-蛋白對接。一個可選的方案是先用ZDOCK做剛性對接，然后算分子動力學。

D:ZDOCK對接效果并不好，在前期增加了binding site限制后，對接后的空間位置仍然是偏離的。

殷賦科技: 那就用Rosetta。不知道大家有沒其他推薦。

G:我個人感覺zdock是非常準的。

殷賦科技:那就好啊。我正打算把這些軟件開發成便捷的方案呢。

H:那個Rosseta特別麻煩，自學會遇到好多坑。不知道有沒有人有好的資料，或交流群。

殷賦科技:Rosetta官方教程講得就非常好了：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/Protein-Protein-Docking/Protein-Protein-Docking#preparing-structures-for-docking

H:那個pyrosetta(Python包)，給的函數太多了。要想掌握，有不少坑。

殷賦科技:蛋白-蛋白對接也可以用I-TASSER: https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/services/。

H:rosetta可以設計蛋白，這個應該比docking和MD更有技術含量吧?Rosetta擅長設計蛋白，如果是奔著這個目標的話，建議用它。

殷賦科技: 研究好了Rosetta，來寫篇教程或者經驗分享啊，歡迎大家踴躍投稿!

A:這些軟件win系統可以使用嗎?

殷賦科技:應該有win，http://zdock.umassmed.edu/。

A:如果只是想預測一下，兩個蛋白是否有相互作用，有什么比較快捷的網站之類的嗎?

殷賦科技:試試這個 http://string-db.org/。

H: 云平臺是你們自己的服務器還是基于阿里云的?

殷賦科技 :我們自己的服務器。

I: 能用你們的平臺免費做對接嗎?

殷賦科技:現在注冊就有2張計算券。

H :有模板報告結果么?可以給大家看看平臺能做出些什么指標或結果。

殷賦科技:有公眾號文章。因為手頭事情多，目前還在開發很多功能，暫時沒時間做模板。將來會逐步完善的。

目前我們平臺有vina和dock6兩個方案，可以做蛋白、核酸、多肽、小分子兩兩間對接，蛋白-蛋白除外。多肽、核酸作為配體的話，只支持少于6個氨基酸、堿基的情況，當做有機小分子來處理。因為數量多了，就不準確。

H:一直對分子對接和MD感興趣，搜了那么微信號，只有你們一直堅持專門針對這些寫分享文章。

ECD實驗數據的波長

殷賦科技:請教下天然產物領域的朋友，各儀器測定的ECD實驗數據中，波長都是整數嗎，有沒有出現小數的?我沒操作過儀器，所以不清楚。

J:應該是可以設定的，我記得有個參數是設定每秒鐘測定的數據點數。

我們目前測的都是整數，參數都是用的那一個。

我目前測的沒有小數，只有整數，不知道調參數之后會不會有。

殷賦科技:我想大多數人應該不會設置成有小數的吧，不然數據點就大十倍了。

J:可是我計算出來的數據都是帶小數的，還要篩選一下，保留整數。

薛定諤教程

K:薛定諤或是新版ds有沒有教程啊?

殷賦科技:這些軟件都自帶教程吧。

K:那個help看著有點亂。

殷賦科技:網上搜下應該有，看看其他群友有沒有可供分享的咯。

K:有時那些設置的參數不知道要不要按教程來。

殷賦科技:這就要你對參數有足夠了解了。

K:那看來還是要看help里的介紹了。

殷賦科技:是啊，開卷有益。

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