一、Microarray軟件

1. Array Designer 4.25 Build 42501，為微陣列批量設計cDNA引物和寡核苷酸引物的工具，適用于Windows和Linux系統。

斯坦福編寫的軟件系列：

2. ScanAlyze，Microarray圖像分析軟件，從單一或雙色熒光雜交產生的熒光圖像中分析結果ScanAlyze提供了執行這個過程中一個交互式圖形環境 - 網格化 - 并提供工具，以簡化和半自動化這個過程。提取物對每個點的信息（熒光強度，背景強度，螢光比例和質量控制參數等種類繁多），并保存在接下來的分析使用的數據文件中。

3. Cluster和TreeView，結合使用2種軟件來處理大量的Microarray數據，分許歸納為各種聚類并用樹狀圖形顯示結果。

4. J-express， Molmine公司編寫，是一個用JAVA語言寫的應用程序，界面清晰漂亮，用來分析微矩陣實驗獲得的基因表達數據，包括分層聚類，K-means功能。需要下載安裝JAVA運行環境JRE6.0，才能運行。

5. phoretix Array， Nonlinear Dynamics公司的基因片綜分析軟件。能分析高密度DNA和蛋白，每塊微陣列可以被分成小塊或按用戶指定的網格排列。

二、質粒繪圖

1. ApE- A Plasmid Editor，適用于Windows，Linux/Unix。讀取DNA Strider,，Fasta，GeneBank，EMBL文件格式，在圖中顯示翻譯，Tm，CG含量，ORF等信息。

2. BVTech Plasmid，BVTech Plasmid是用于DNA序列分子和質粒繪圖的收費軟件，運行在Windows系統上。

3. gene construction kit， 一款功能強大的收費軟件，除了常用的質粒繪圖工具還可以制作并顯示克隆策略中的分子構建過程，包括質粒構建，模擬電泳條帶。繪出的質粒圖還可以繼續用來構建克隆策略圖譜。功能多，使用時略有不便，要花時間研究一下。

3. NoeClone，軟件擁有強大的虛擬克隆，模擬凝膠電泳，繪制克隆流程圖以及質粒圖譜以及序列圖譜的顯示和分析功能。同時擁有中文操作界面。

4. EZ PLASMID MAP，在線質粒繪圖工具。

5. PlasMapper，在線質粒繪圖工具。

6. NetPlasmid，在線質粒繪圖工具。

三、RNA二級結構

1. RnaViz，一款界面友好的RNA二級結構圖繪制程序。可生成用于文章發表的，高質量的二級結構圖。

2. RNA Structure 5.2，RNA和DNA二級結構分析、預測工具。同行也可用于預測生物分子、寡核苷酸與目標RNA之間的結合力。Mac OS-X系統使用JAVA編寫的圖形化界面，命令行方式適用于Max OS-X, Linux和Windows。

3. RNAdraw， 結合了RNA二級結構計算和分析。

4. CLC RNA Workbench， 采用自由能量最小化算法預測RNA結構。提供給用戶一個友好的界面來完成復雜的運算工作。

四、引物設計

1. Primer Premier，PREMIER Biosoft開發的專業用于PCR或測序引物以及雜交探針的設計，評估的軟件，主要界面有序列編輯窗口（Genetank），引物設計窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。可以簡單地通過手動拖動鼠標以擴增出相應片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數的改變和可能的二聚體、異二聚體、發夾結構等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結果顯示出來。

2. Oligo，用于引物分析的著名軟件，主要應用于核酸序列引物分析設計軟件，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預測序列二級結構。

五、蛋白分析

1. InterViewer，顯示和分析蛋白交互作用軟件，據其網站介紹，運行速度比其他軟件快許多。

2. GPMAW，蛋白質質譜與序列分析軟件。

3. ProteoWizard，蛋白質組學數據分析，跨平臺的開源軟件。

4. ANTHEPROT，蛋白序列分析軟件包包括了蛋白質研究領域所包括的大多數內容。應用此軟件包，使用個人電腦，便能進行各種蛋白序列分析與特性預測,包括：進行蛋白序列二級結構預測；在蛋白序列中查找符合PROSITES數據庫的特征序列；繪制出蛋白序列的所有理化特性曲線；在Internet或本地蛋白序列數據庫中查找類似序列；計算蛋白序列分子量，比重與各蛋白殘基百分組成；計算蛋白序列滴定曲線與等電點；選定一個片段后，繪制Helical Wheel圖；進行點陣圖（Dot Plot）分析；計算信號肽潛在的斷裂位點等功能。

5. WinPep，分析蛋白序列的工具軟件。

六、DNA分析

1. WinGene，DNA序列分析。

2. ChromasPro，序列查看、修改軟件。可以打開可打開ABI、SCF、FASTA、EMBL、GenBank、SwissProt、 GenPept、GCG RSF等格式的序列文件。從事測序工作的基本工具軟件。

3. gbench，NCBI開發的分析序列數據軟件平臺。使用gbench 可以查詢NCBI公開序列數據和自己的序列數據，進行各種分析。

4. Sequence Viewer，NCBI開發的DNA序列圖形顯示軟件。

5. BiQ Analyzer，DNA甲基化分析軟件。

6. Chromatogram Explorer，顯示、處理序列層析圖譜文件軟件。下載的軟件包中還包括其他免費相關軟件，如ABI,FASTA,multi-FASTA格式轉換工具。

7. CisGenome Browser，基因組數據顯示、分析軟件，整合了tiling array, ChIP-seq, genome and cis-regulatory分析等功能。

8. DNA Baser Sequence Assembler，DNA序列裝配、分析、格式轉換軟件。