蛋白質氨基酸序列分析是生物信息學和分子生物學的關鍵領域。通過理解蛋白質的序列，我們可以預測其三維結構、功能以及與其它分子的相互作用。下面我們將深入探討蛋白質氨基酸序列分析：從序列到功能的全過程。

圖1

一、蛋白質氨基酸序列的獲取

在實驗室中，可以使用各種技術，如質譜分析，從生物樣品中獲取蛋白質的氨基酸序列。此外，隨著基因組測序技術的進步，我們可以直接從DNA序列預測蛋白質的氨基酸序列。

1. 質譜法

利用肽質譜和串聯質譜分析獲取蛋白質氨基酸的序列信息。

2. cDNA測序

從mRNA轉錄得到cDNA，然后進行DNA測序來推導蛋白質的氨基酸序列。

3. 合成生物學

直接合成目標蛋白質的基因，用于后續表達和分析。

二、序列比對和同源性分析

通過比較不同物種或不同家族成員的蛋白質序列，可以確定它們之間的相似性和差異。這有助于識別保守區域（即功能上重要的區域）和潛在的進化關系。

比對工具：使用如BLAST, ClustalW等工具將目標序列與已知序列進行比較。
同源性分析：尋找與已知蛋白質結構和功能相似的序列，以預測目標蛋白的可能性質。

三、結構預測和分析

1. 二級結構預測：

α螺旋、β折疊和隨機卷曲的預測： 使用如PsiPred、DSSP等工具預測蛋白質的二級結構元素。

2. 三級結構預測：

同源模建： 若找到結構已知的同源蛋白，可通過模板引導的方法預測目標蛋白的三級結構。
抽象建模： 若無同源模板，利用方法如Rosetta等進行從頭預測。

四、功能注釋和分析

1. 功能域分析：

識別和注釋功能域： 使用工具如Pfam、InterProScan尋找已知的功能域和模體。

2. 活性部位預測：

關鍵殘基和活性部位的識別： 利用比如Catalytic Site Atlas這樣的資源識別和分析潛在的催化殘基。

五. 蛋白質-蛋白質相互作用分析

1. 亞復合物識別：

界面殘基分析： 通過預測工具（如PPCheck）分析蛋白-蛋白相互作用界面。

2. 網絡分析：

構建和分析PPI網絡： 通過數據庫和實驗數據構建蛋白質之間的相互作用網絡，進一步洞察生物學過程。

六. 功能和路徑分析

基因本體論(GO)注釋： 利用工具如DAVID、PANTHER對蛋白質進行功能注釋。
代謝和信號通路分析： 利用如KEGG、Reactome等數據庫分析蛋白質參與的生物通路。