標(biāo)記定量和非標(biāo)記定量是蛋白質(zhì)組學(xué)中的兩種主要的定量策略，用于比較不同樣本或處理條件下的蛋白質(zhì)豐度。

以下是它們之間的主要區(qū)別：

1、標(biāo)記定量：

在樣品前處理階段，使用某種標(biāo)記技術(shù)對蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)酶解肽段進(jìn)行化學(xué)標(biāo)記，這些標(biāo)記通常具有不同的質(zhì)量。經(jīng)過混合后，通過質(zhì)譜儀分析，可以基于這些質(zhì)量差異來定量不同樣本中的蛋白。

圖1. 使用10plex TMT進(jìn)行相對定量的流程（Zhang et al.,2017）

2、非標(biāo)記定量：

不使用任何化學(xué)標(biāo)記，而是通過多次重復(fù)實驗，對同一蛋白在不同樣本中的信號強(qiáng)度（如肽段的峰面積或峰高）進(jìn)行比較來實現(xiàn)定量。

圖2. Label Free定量蛋白組學(xué)的流程

標(biāo)記定量方法在樣品前處理階段使用某種標(biāo)記技術(shù)對蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)酶解肽段進(jìn)行化學(xué)標(biāo)記，如ICAT、iTRAQ或TMT。這些標(biāo)記通常具有不同的質(zhì)量，使得經(jīng)過混合后的樣品可以通過質(zhì)譜儀的質(zhì)量差異來進(jìn)行定量。這種方法的優(yōu)勢是可以在質(zhì)譜分析之前混合樣本，從而減少由于實驗操作或機(jī)器分析帶來的變異，但缺點是需要額外的步驟進(jìn)行標(biāo)記，可能增加實驗成本和復(fù)雜性。

另一方面，非標(biāo)記定量方法不使用任何化學(xué)標(biāo)記，而是通過比較同一蛋白在不同樣本中的信號強(qiáng)度，如肽段的峰面積或峰高，來實現(xiàn)定量。這種方法在操作上更為簡單，不需要額外的標(biāo)記步驟，從而降低了成本。但為了確保實驗間的可比性，它需要更嚴(yán)格的樣品處理和質(zhì)譜分析條件。