兒童中樞神經系統腫瘤的分子圖譜對于診斷和臨床管理至關重要，但由于腫瘤的敏感位置，組織通路等限制，很難被診斷性手術活檢捕捉到。這一次安捷倫助力科學家們開發了一個有針對性的深度測序平臺來檢測腫瘤驅動突變、拷貝數變異和異質性。文章發表在Nature 子刊npj Precision Oncology volume 6, Article number: 63 (2022)。

樣本來源：
病人樣本在治療過程中或在尸檢中取得。一共取得10份腦脊液（CSF）樣本，取得8份血漿樣本和2份血清樣本，取得10份腫瘤樣本。

DNA提取：
1、腫瘤基因組DNA提取：采用Gentra Puregene Tissue Kit (QIAGEN)
2、cfDNA提取：從 500 µL-1 mL 腦脊液（CSF） 和 1-2 mL  血清或血漿中進行提取，采用了QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN)，貨號：55114

二代測序NGS
1、基因組全外顯子測序
50 ng的基因組DNA利用超聲打斷成150-180bp的片段，先進行末端配平，加A，加接頭，PCR擴增和磁珠純化構建預文庫， 然后采用安捷倫全外顯子探針(SureSelect XT Human V6 + COSMIC）進行外顯子捕獲。捕獲后的基因組片段再進行擴增富集之后，通過質控后，在進行上機測序。

2、CfDNA靶向捕獲測序
采用帶有unique molecular identififiers（UMI）和雙端接頭的ctDNA檢測panel 進行靶向捕獲測序。

圖 1 對DMG組織、腦脊液和血漿/血清的致瘤性變化的檢測

結論：
① 腫瘤和腦脊液配對的一致性高于腫瘤和血漿/血清配對，腦脊液突變檢測具有高平臺敏感性和特異性。科學家的平臺用于早期檢測臨床相關突變的效用，即使是在起始DNA輸入極低的情況下依然能發揮作用
② ctDNA分析在揭示腫瘤組織基因組異質性方面具有潛在的優勢，包括檢測激活關鍵的dmg相關生長因子信號通路的亞克隆突變。

在這一次DNA測序中，安捷倫派出了質控大家庭中的Tapestation系列的4200分析儀對樣本cfDNA以及測序文庫進行質控，其中cfDNA質控使用的是High Sensitivity D5000 assay，這一款assay 需要將安捷倫高靈敏度 D5000 ScreenTape（貨號：5067-5592） 和高靈敏度 D5000 試劑（貨號：5067-5592） 搭配一起使用，適用于 100–5000 bp DNA 的高靈敏度分析，一套可檢測105個樣本。

除了科學家質控用到的High Sensitivity D5000 assay，安捷倫Tapestation 還有多款針對不同應用以及不同核酸片段大小的試劑盒，為核酸質控提供完美解決方案。