蛋白酶體是催化蛋白酶的大的多亞基，負責大部分細胞質和核蛋白降解，并且它們的結構和功能在真核生物中是保守的。蛋白酶體最初被鑒定為泛素依賴性蛋白水解途徑的蛋白水解模塊。
植物細胞含有26S和20S蛋白酶體的混合物，其分別介導泛素依賴性和泛素非依賴性蛋白水解。26S蛋白酶體是一種ATP依賴性蛋白酶，它負責許多重要細胞調節因子的降解，特別是那些與多種泛素結合的蛋白酶。26S蛋白酶體含有20S蛋白酶體和一個或兩個調節顆粒，這是泛素依賴性降解所必需的。 已有研究表明擬南芥26S蛋白酶體生物發生的減少會導致熱休克超敏性和降低細胞分裂速率，其通過增加的細胞擴增來補償。26S蛋白酶體功能的喪失還導致20S蛋白酶體生物發生增加，其反過來增強細胞降解氧化蛋白的能力，從而增加氧化應激耐受性。
自噬是真核生物中主要的細胞降解途徑。研究揭示了自噬在植物生命的許多方面的重要性，包括幼苗建立，植物發育，抗逆性，新陳代謝和繁殖。這證明了自噬在惡劣環境條件下進行大量降解的雙重能力，同時高度選擇性地靶向特定區域和蛋白質復合物以調節關鍵的細胞過程，即使在有利的生長條件下也是如此。細胞成分被輸送到液泡中使其能夠循環利用，尤其是在壓力下影響植物代謝組。
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