福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，F(xiàn)FPE）的樣品代表了珍貴且來源廣泛的生物醫(yī)學(xué)研究材料，如何從這些樣品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技術(shù)有限公司針對FFPE樣品的高通量分析，建立了整套的SOP 標(biāo)準(zhǔn)解決方案，幫助廣大科研工作者更好的利用FFPE 樣本資源，進(jìn)行各類高通量組學(xué)分析。以下為公司利用微陣列芯片研究FFPE樣品的部分實(shí)驗(yàn)案例和解決。

 

使用芯片技術(shù)研究通常需要使用新鮮的樣本或快速冷凍的樣本，但是世界上大約有數(shù)十億份組織樣品保存在醫(yī)院或者組織樣品庫中，其中絕大多數(shù)是FFPE樣品。如何獲得FFPE 樣本所蘊(yùn)藏的生物信息，如何利用分子生物學(xué)方法對FFPE 樣本進(jìn)行檢測，進(jìn)而針對FFPE 樣本進(jìn)行高通量組學(xué)分析就變得越來越重要。

 

 

樣本質(zhì)量是確保下游研究應(yīng)用(微陣列芯片、新一代測序，Real-Time PCR等)中獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)的關(guān)鍵。 FFPE 樣本質(zhì)量與樣本固定時間，儲存條件與儲存年限等密切相關(guān)。

 

 

 

采用NanoDrop、Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析儀進(jìn)行樣品質(zhì)檢工作。

 

石蠟樣本中提取的mRNA/DNA均為降解，除特殊要求外，只根據(jù)mRNA/DNA總量來判斷是否可以進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。

 

下表就針對幾種常見的微陣列芯片類型，推薦了相應(yīng)的起始材料及最低需求量。

 

 

 

 

上海伯豪公司研究人員使用芯片對快速冷凍的樣本以及與之相匹配的相應(yīng)的FFPE 樣本進(jìn)行了研究，得到了以下對比數(shù)據(jù)。

 

*使用芯片： Affymetrix Human U133 Plus 2.0

*FF（新鮮凍存，fresh frozen）樣品

 

*使用芯片：Agilent Human miRNA 芯片V16.0

*芯片質(zhì)控：gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig *﹤15

*gNonCtrlMedPrcntCVBGSubSig：去除背景信號，非質(zhì)控重復(fù)探針中位值變異系數(shù)百分比

 

 

實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，在表達(dá)譜芯片的研究中，雖然FFPE樣本有明顯降解，但FFPE組織與新鮮冷凍組織在芯片上的平均檢出率和背景都差不多；在miRNA芯片的研究中，兩種樣品的各項芯片質(zhì)控指標(biāo)相當(dāng)；在CNV芯片的研究中，雖然新鮮冷凍組織的信號表達(dá)量較高，但兩種樣品的背景噪音值非常相近。

運(yùn)用FFPE組織樣品進(jìn)行高通量檢測，可以對存檔的標(biāo)本，進(jìn)行常規(guī)分析，從而進(jìn)行大規(guī)模回顧性研究。如需進(jìn)一步了解該技術(shù)，詳見鏈接：

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