7月18日，賽業(yè)生物細(xì)胞基因編輯項(xiàng)目管理常天一主講「基因編輯細(xì)胞技術(shù)及其研究應(yīng)用」線上課程，以下為本次直播常見(jiàn)問(wèn)題匯總與解答。

FAQ:
1.細(xì)胞編輯移碼敲除和片段敲除該如何選擇？
2.如何提高點(diǎn)突變項(xiàng)目的成功率？
3.基因敲入細(xì)胞系構(gòu)建原理？
4.iPSC重編程都會(huì)做哪些檢測(cè)？
5.敲除細(xì)胞系出現(xiàn)WB檢測(cè)蛋白殘留該如何解決？
6.基因敲除細(xì)胞系構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)難點(diǎn)和注意事項(xiàng)？
 

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Q：細(xì)胞編輯移碼敲除和片段敲除該如何選擇？
A ：移碼敲除是指使用一條sgRNA在蛋白編碼基因的外顯子內(nèi)產(chǎn)生雙鏈斷裂，若NHEJ修復(fù)導(dǎo)致了缺口處產(chǎn)生了非3倍數(shù)的刪除或者插入，則會(huì)造成蛋白翻譯時(shí)的讀碼框移碼（Framshift），從而產(chǎn)生一個(gè)截短的、功能失活的蛋白質(zhì)。

片段敲除是指在目的敲除位置兩側(cè)各設(shè)計(jì)一條gRNA，兩條gRNA同時(shí)作用形成兩個(gè)DSB，NHEJ修復(fù)造成目的DNA片段的缺失，從而導(dǎo)致該片段中包含的基因失去功能。

兩種方案都是可行的敲除方案，我們會(huì)根據(jù)目的基因信息，是否有文獻(xiàn)報(bào)道等情況，綜合考量使用哪種方案。

Q：如何提高點(diǎn)突變項(xiàng)目的成功率？
A：點(diǎn)突變的項(xiàng)目的成功率和cell pool階段的同源重組效率密切相關(guān)。賽業(yè)生物優(yōu)化的α-donor體系將人源化的Cas蛋白、gRNA和donor三組分轉(zhuǎn)染至目的細(xì)胞，HDR效率高達(dá)87%，實(shí)現(xiàn)單克隆純合子交付，快至6周。

Q：基因敲入細(xì)胞系構(gòu)建原理？
A：sgRNA和Cas蛋白使目的位置發(fā)生雙鏈斷裂，同時(shí)引入了一個(gè)donor，donor中包含要插入的DNA序列、和目標(biāo)基因組位置同源的DNA序列（同源臂），利用同源重組修復(fù)（HDR）機(jī)制來(lái)修復(fù)雙鏈斷裂，將外源DNA序列插入到目標(biāo)位置。

Q：iPSC重編程都會(huì)做哪些檢測(cè)？
A：iPSC重編程檢測(cè)內(nèi)容包括無(wú)菌支原體檢測(cè)、質(zhì)粒殘留分析、STR鑒定、核型分析、免疫熒光、流式檢測(cè)、體外三胚層檢測(cè)，畸胎瘤實(shí)驗(yàn)。

Q：敲除細(xì)胞系出現(xiàn)WB檢測(cè)蛋白殘留該如何解決？

A：出現(xiàn)WB檢測(cè)蛋白殘留可能的原因：
Western Blot抗體的選擇不合適；
基因的可變剪切引起的蛋白殘留；
由于目的基因的多轉(zhuǎn)錄本引起的蛋白殘留；
目的蛋白本底表達(dá)低；
遺傳補(bǔ)償效應(yīng)：無(wú)義突變和同源序列。

可參考Western blot trouble shooting思路圖進(jìn)行原因排查。

1.細(xì)胞和基因信息分析
確保細(xì)胞和基因的準(zhǔn)確性；
核對(duì)敲除策略和gRNA設(shè)計(jì)位置，確保gRNA設(shè)計(jì)在保守區(qū)域且盡可能覆蓋所有轉(zhuǎn)錄本；
分析目的基因是否有同源基因，如有同源基因可能會(huì)存在遺傳補(bǔ)償效應(yīng)；
分析目的基因在宿主細(xì)胞內(nèi)的本底表達(dá)水平，相應(yīng)調(diào)整Western blot參數(shù)。

2.DNA水平分析
檢查鑒定策略是否合適，PCR電泳條帶與預(yù)期是否一致；
核查測(cè)序原始數(shù)據(jù)，測(cè)序質(zhì)量是否合格，分析測(cè)序結(jié)果檢查是否還有未敲除干凈的序列，與野生型序列進(jìn)行比對(duì)確保敲除成功。

3.mRNA水平分析
兩種方法可以在mRNA水平進(jìn)行驗(yàn)證：
方法1：使用賽業(yè)生物RDDC罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)中心對(duì)突變進(jìn)行可變剪切預(yù)測(cè)，如產(chǎn)生移碼和提前終止，則認(rèn)為mRNA水平敲除合格。
方法2：提取細(xì)胞mRNA進(jìn)行cDNA PCR和測(cè)序，并與野生型進(jìn)行比對(duì)，確定mRNA水平是否敲除成功。

4.蛋白水平分析
根據(jù)DNA測(cè)序結(jié)果，使用相應(yīng)軟件將KO后的DNA翻譯成氨基酸序列，并與野生型氨基酸序列進(jìn)行比對(duì)，確定氨基酸水平是否發(fā)生敲除。

5.抗體分析
KO驗(yàn)證和文獻(xiàn)驗(yàn)證更優(yōu)，比對(duì)抗體免疫原位點(diǎn)與敲除區(qū)域位點(diǎn)，免疫原位點(diǎn)C端優(yōu)于N端，核對(duì)抗體是單克隆或者多克隆，單克隆優(yōu)于多克隆；抗體的品牌，進(jìn)口優(yōu)于國(guó)產(chǎn)。

Q: 基因敲除細(xì)胞系構(gòu)建的實(shí)驗(yàn)難點(diǎn)和注意事項(xiàng)？

A：1.分子設(shè)計(jì)方面的難點(diǎn)：
敲除策略選擇不當(dāng)；
基因拷貝數(shù)多，gRNA切割不徹底；
gRNA設(shè)計(jì)位置不當(dāng)，如未能覆蓋重要轉(zhuǎn)錄本；
gRNA設(shè)計(jì)不當(dāng)，如效率低，脫靶率高等。

解決方法：在分子設(shè)計(jì)方面結(jié)合賽業(yè)生物Smart CRISPR基因編輯系統(tǒng)和經(jīng)驗(yàn)豐富的生信分子團(tuán)隊(duì)進(jìn)行相應(yīng)的基因分析和設(shè)計(jì)，確保敲除成功。

2.細(xì)胞方面的難點(diǎn)：
遞送方式、培養(yǎng)、轉(zhuǎn)染和單克隆制備困難。

解決方法：遞送方式建議選擇RNP，效率高且低脫靶，摸索細(xì)胞培養(yǎng)條件，優(yōu)化轉(zhuǎn)染方法和單克隆，確保敲除實(shí)驗(yàn)前獲取最優(yōu)條件。