在基因工程小鼠的使用過程中，常常需要對小鼠進行基因型鑒定，以確保實際使用的小鼠的基因型與預期一致。在本次的基礎知識系列里，J博士將幫助大家從三方面了解基因型鑒定：

▲ 什么時候需要進行基因型鑒定
▲ 比較常用的基因型鑒定方法
▲ 基因型鑒定中的對照設置
 
   
新引進的小鼠：
在訂購的小鼠抵達設施后,建議第一時間對引進小鼠進行鑒定，以確保無誤。
繁育對：為保障子代基因型的正確性，建議對所有繁育對進行鑒定。
子代小鼠：如果親本產生的后代僅有一種基因型（純合種群），在確保繁育對基因型的情況下，通常無需再對子代小鼠進行鑒定；如果親本產生的后代有兩種及以上基因型（例如雜合子配雜合子），通常需要對子代進行鑒定以明確個體的基因型。

例如Cre小鼠和Floxed小鼠配繁產生的后代小鼠會具有不同的基因型，因此通過基因型鑒定篩選符合實驗要求的小鼠。
對于同時攜帶多種突變的小鼠品系，往往需要對不同突變基因進行鑒定。
需要注意的是，并非所有品系的小鼠都能夠通過基因型鑒定的方法進行確認，例如近交系小鼠。因此，一方面需要從可靠的供應商引進小鼠，以確保品系無誤。另一方面在種群管理時也需要盡可能保證一個種群不被污染。
   
小鼠基因型鑒定所用的樣本，通常是從鼠尾或者鼠耳組織（也有可能是腳趾）提取的基因組。提取基因組的方法可以參考JAX常用方法：https://www.Jax.org/JAX-mice-and-services/customer-support/technical-support/genotyping-resources/dna-isolation-protocols

得到基因組DNA后，再根據相應的鑒定方法進行鑒定。JAX®的絕大部分小鼠品系，均可在品系詳情頁上找到具體的鑒定方法。
 
以strain#: 003831為例，在進入小鼠品系詳情頁面后，選擇Husbandry - genotyping protocol，即可查看該品系基因鑒定的方法(如下圖）。
 
  
該品系涉及兩個基因的突變，因此JAX提供了針對兩個基因鑒定的方法。與此同時，同一種基因也提供了兩種不同的鑒定方法，可以根據實驗室實際情況或者需要獲得的信息進行選擇（如下圖）。
   
常規PCR是最常見的鑒定方法。除此之外，JAX常用的鑒定方法還包括qPCR、探針/終點分析法、測序等。這些鑒定方法的詳細介紹可以參考【點此回顧：☞☞☞更高級的小鼠基因分型方法，別只會用瓊脂糖！】。這里我們將簡單列舉上述鑒定方法的差異和應用。
 

  圖片
基因型鑒定實驗雖然簡單，但也有可能出現各種意料之外的結果，尤其當需要鑒定一個新品系的時候。從準備樣品的角度，應盡可能地設置完整的實驗對照，以幫助我們盡早發現問題、優化實驗。
 
基因型鑒定中常用的對照如下：

 
在具體的鑒定過程中，還有可能出現很多具體的問題，例如目標條帶缺失、出現假陽性條帶或者非特異性條帶等等。這些問題很多時候需要根據情況具體分析，難以一概而論。如果您遇到基因型鑒定相關的問題，可以參考以下資料或通過郵件、電話與杰克森艾特技術支持聯系。
 
https://www.Jax.org/JAX-mice-and-services/customer-support/technical-support/genotyping/troubleshooting