特殊物種的細(xì)胞因子的選擇與攻克難題判斷種屬交叉反應(yīng)的關(guān)鍵

瀏覽次數(shù)：2189　發(fā)布日期：2020-7-31　來(lái)源：本站　僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責(zé)任自負(fù)

細(xì)胞因子是由免疫細(xì)胞（淋巴細(xì)胞、單核-巨噬細(xì)胞等）和相關(guān)細(xì)胞（成纖維細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞等）產(chǎn)生的調(diào)節(jié)細(xì)胞功能的高活性多功能多肽或蛋白質(zhì)分子，通過結(jié)合細(xì)胞表面的相應(yīng)受體發(fā)揮生物學(xué)作用。不同哺乳動(dòng)物在進(jìn)化過程中其分泌的細(xì)胞因子氨基酸序列存在差異，這就告訴我們?cè)谶M(jìn)行實(shí)驗(yàn)時(shí)需要選擇對(duì)應(yīng)種屬的細(xì)胞因子。然而世界上的物種豐富多彩，從無(wú)脊柱動(dòng)物到脊椎動(dòng)物都可能有細(xì)胞因子的表達(dá)，而且各種動(dòng)物都可能成為生物學(xué)家的研究對(duì)象，有時(shí)需要特定動(dòng)物，如牛、狗、貓、魚等的細(xì)胞因子來(lái)做實(shí)驗(yàn)，但是商品化的細(xì)胞因子多數(shù)是重組人、大鼠或小鼠的，針對(duì)特殊物種的重組細(xì)胞因子很難買到。那么如何確定重組人、大鼠或小鼠的細(xì)胞因子是否能用于培養(yǎng)特殊動(dòng)物來(lái)源的細(xì)胞呢？攻克難題，判斷種屬之間的交叉反應(yīng)是關(guān)鍵！

☟ 我們推薦通過以下途徑來(lái)獲得信息。

一、PeproTech的官方網(wǎng)站

▼ 01
在瀏覽器的地址欄輸入：www.peprotech.com；

▼ 02
根據(jù)產(chǎn)品名稱(如Recombinant Human VEGF165 )或產(chǎn)品編號(hào)(Cat#100-20)找到您需要了解的細(xì)胞因子；

▼ 03
點(diǎn)擊該細(xì)胞因子的鏈接，向下翻動(dòng)頁(yè)面，找到“Cross Reactivity Cited in References (引自文獻(xiàn)的交叉反應(yīng))”欄；

▼ 04
在“Cross Reactivity Cited in References (引自文獻(xiàn)的交叉反應(yīng))”欄，可看到Recombinant Human VEGF165(Cat#100-20)已應(yīng)用的種屬，如雞(Chicken)、牛(Cow)、豚鼠(Guinea Pig)、馬(Horse)、人(Human) 、豬(Pig) 、兔(Rabbit)、大鼠 (Rat) 羊(Sheep)、鱒魚(Trout) 和斑馬魚(Zebra Fish)等(見下圖1)。

圖1

▼ 05
點(diǎn)擊相應(yīng)種屬鏈接如鱒魚(Trout)(如上圖1紅色箭頭所示)，即可查得對(duì)應(yīng)參考文獻(xiàn)(見下圖
2)。

圖2

二、利用PubMed的BLAST工具

利用PubMed的BLAST工具，將已知種屬細(xì)胞因子的氨基酸序列與PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)中您感興趣的種屬蛋白序列進(jìn)行同源比對(duì)。一般來(lái)說(shuō)，不同種屬間蛋白同源性(序列一致性)高于80%時(shí)基本可確定為有交叉活性。我們以比對(duì)Recombinant Human EPO(Cat#100-64)與PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)中牛的EPO同源性為例，進(jìn)行示范。

▼ 01
首先打開PubMed主頁(yè)(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/)，向下翻動(dòng)頁(yè)面，找到BLAST入口(如下圖3)。

圖3

▼ 02

在Web BLAST欄選擇Protein BLAST(如下圖4)。

圖4

▼ 03

在PeproTech官網(wǎng)輸入100-64，點(diǎn)擊該產(chǎn)品鏈接，找到Recombinant Human EPO的氨基酸序列(如下圖5)。

圖5

▼ 04

將該氨基酸序列，復(fù)制粘貼至氨基酸序列框(如下圖6)。

圖6

▼ 05

點(diǎn)擊BLAST按鍵進(jìn)行比對(duì)(如下圖7)。

圖7

▼ 06

比對(duì)速度因個(gè)人瀏覽器及網(wǎng)速不同會(huì)有所差異。此時(shí)比對(duì)的是數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有種屬，可在篩選欄限定您感興趣的種屬進(jìn)行查詢。如在Organism欄輸入Bos Taurus(牛的拉丁文名稱)，點(diǎn)擊Filter鍵進(jìn)行篩選(如下圖8)，即可迅速找到與牛EPO比對(duì)的Per Ident值為83.23％(如下圖9)。說(shuō)明已知的Recombinant Human EPO可以嘗試應(yīng)用于牛細(xì)胞培養(yǎng)。