裂解方法包括化學裂解、酶裂解和機械裂解。化學裂解和酶裂解通常是比較溫和的方法，通常會很少使DNA 斷裂。這兩種方法（包括SDS 和溶菌酶處理等）提取純化DNA中常用的方法。機械裂解可以更均一的裂解細胞，同化學裂解相比，機械處理具有更高的裂解效率和更低的選擇性。機械處理可以更劇烈和全面的裂解細胞，但也會造成DNA 的斷裂。

一、機械裂解法主要有以下兩種：
1、熱休克（Thermal shock），既反復凍溶法，是一種常用的機械裂解方式比，通常由冷凍和解凍兩部分組成（freezing and thawing）,。
原理：由于細胞內冰粒形成和剩余細胞液的鹽濃度增高引起溶脹，使細胞結構破碎。冷凍通常在液氮或-20°C冰上進行，解凍可以在37、50、65 或100℃水浴中進熱休克比化學裂解溫和，但是很有效，有資料表明用熱休克和溶菌酶與SDS的方法獲得了90%的細胞裂解率。

2、超聲波處理（Ultrasonication）既利用超聲加熱的方法，把細胞破碎。但這種處理會導致DNA 的斷裂，所以加熱不宜過劇烈，要設定好超聲時間和間隙時間，一般超聲時間不超過5秒，間隙時間最好大于超聲時間，這些都有利于保護酶的活性。bead-beating 也是常用的機械處理方式，有報道指出bead-beating 比熱休克和化學裂解的細胞裂解效果更好 雖然DNA產量較高，但通常得到的DNA片段較小。

二、 化學裂解和酶裂解法（在提核酸時聯合使用）
主要是裂解液處理法，細胞裂解液的主要目的有以下幾種：
（1）利用去污劑破壞脂質雙分子層，破裂細胞；
（2）溶解蛋白；
（3）蛋白變性使其穩定；
（4）抑制蛋白酶活性。

主要根據不同的目的，裂解液的組成有所不同，主要有提取核酸和蛋白兩中。在提取RNA或DNA時，我們主要是要充分裂解細胞，得到更多的核酸；如果我們的目的是蛋白，那要根據蛋白的位置、特性等因素考慮裂解液，在提取蛋白后，再根據實驗需要復性蛋白等。以下是細胞裂解中常用試劑和其作用：
50 mM Tris-HCl pH 7.4（緩沖體系），150 mM NaCl（等滲體系），1 mM PMSF （強大的蛋白酶抑制劑），1 mM EDTA（變性劑和穩定劑），5 µg/ml Aprotinin（蛋白酶抑制劑），5 µg/ml Leupeptin（蛋白酶抑制劑），1% Triton x-100（破壞細胞），1% Sodium deoxycholate（中度變性劑和蛋白溶解劑），0.1% SDS（強變性劑和蛋白溶解劑）。7M 尿素，2M硫脲(可以提高膜蛋白的融解），蛋白酶K等。