組織處理的方式通常有兩種: 一種是開放式，即標本從一個液體槽交換轉移到另一個液體槽; 一種是密閉式，即標本始終停留在一個固定的處理槽內，液體通過真空泵吸進吸 出產生運動，從而達到對組織進行處理的目的。

開放式處理存在著一定的安全隱患，而密閉式處理則相對安全。
密閉式通過控制面板的數字按鈕，對標本進行電腦智能化控制，標本始終位于一個濕潤的環境，即標本處理室內，即使發生故障，也不會發生人為的干燥、干涸現象。另外，配備自動報警裝置，減少室內有害液體的直接排放。密閉式的局限性在于，并非所有的液體都能適用于機器。密閉式處理模式能夠提供加溫、加壓及攪拌等多項功能。
不過，雖然加溫加壓及攪拌等功能可以縮短組織標本的處理時間，但是在使用時一定要加以小心。尤其是處理活檢小標本時更應如此。如果把富含脂肪的組織與手術標本和活檢小標本放在一起混合處理，效果會不理想。反之，如果標本處理時間太短，也不能得到良好的組織處理效果。除非是體積小、固定好的標本，才有可能得到良好的組織處理效果。