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分子對(duì)接
計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(CADD)是以量子力學(xué)和分子力學(xué)的分子模擬理論為基礎(chǔ),通過模擬、計(jì)算或模型學(xué)習(xí),預(yù)測(cè)藥物與靶標(biāo)分子之間的作用,篩選、設(shè)計(jì)和優(yōu)化先導(dǎo)化合物的方法。
服務(wù)類別:芯片與生物信息學(xué)總訪問:714
最后更新:2018-8-13半年訪問:67
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  • 服務(wù)介紹
  • 公司簡(jiǎn)介

合研生物可以利用基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)方法,對(duì)可購(gòu)買化合物、天然產(chǎn)物等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行虛擬篩選,并獲得潛在活性的化合物列表供進(jìn)一步活性實(shí)驗(yàn)確證。面向制藥企業(yè)和科研院所,可提供一站式的早期藥物研發(fā)服務(wù),包括虛擬藥物篩選、先導(dǎo)優(yōu)化、靶標(biāo)預(yù)測(cè)、動(dòng)力學(xué)模擬等,涉及化學(xué)藥、生物藥、中藥等多種新藥類型,為您提供優(yōu)質(zhì)的藥物發(fā)現(xiàn)服務(wù)。

  • 計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)

         計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(Computer-Aided Drug Design)是以量子力學(xué)和分子力學(xué)的分子模擬理論為基礎(chǔ),通過模擬、計(jì)算或模型學(xué)習(xí),預(yù)測(cè)藥物與靶標(biāo)分子之間的作用,篩選、設(shè)計(jì)和優(yōu)化先導(dǎo)化合物的方法。
       1. 基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)(Structure-based Drug Design, SBDD
            a) 分子對(duì)接(Molecular Docking)
            b) 從頭設(shè)計(jì)(de novo)
            c) 藥效團(tuán)模型(pharmacophore)
       2. 蛋白結(jié)構(gòu)的同源模建(Homology Modeling
       3. 動(dòng)力學(xué)模擬(Molecular Dynamics
       4. 基于配基的藥物設(shè)計(jì)(Fragment-based Drug Design, FBDD
            a) 定量構(gòu)效關(guān)系分析(QSAR)
            b) 機(jī)器學(xué)習(xí)模型(Machine Learning)
            c) 構(gòu)象分析(Conformational Analysis)
       5. 先導(dǎo)化合物優(yōu)化(Lead Optimization
            a) 骨架躍遷(Scaffold Hopping)
            b) 生物電子等排體(Bioisostere)
            c) 分子相似性分析(Molecular Similarity Analysis)
            d) 成藥性分析(Drug Profiler)
                理化性質(zhì)(Physical and Chemical Properties)
                ADME性質(zhì)(ADME Property)
               安全性(Safety Profiler)
       6. 多靶標(biāo)藥物設(shè)計(jì)(Multi-target Drug Design

  • 反向靶標(biāo)預(yù)測(cè)

             尋找靶標(biāo)的過程,稱為反向找靶,即建立表型活性和分子靶標(biāo)的關(guān)系。
              反向?qū)樱≧everse Docking)
              反向藥效團(tuán)模型搜索(Pharmacophore Matching)
              配體分子相似性分析(Ligand Similarity Analysis)
              化合物-靶標(biāo)網(wǎng)絡(luò)(Compound-Target Network Plot)
              靶標(biāo)作用通路富集分析(Pathway Enrichment Analysis)

  •  基于靶標(biāo)的合理藥物設(shè)計(jì)

         與疾病相關(guān)的生命科學(xué)基礎(chǔ)研究或已有的藥物成功研發(fā)案例可以發(fā)現(xiàn)并確證藥物開發(fā)的靶標(biāo),此時(shí),一個(gè)重要的任務(wù)是盡快發(fā)現(xiàn)多樣性的活性化合物。如果靶標(biāo)蛋白的結(jié)構(gòu)已經(jīng)通過X-Ray衍射或是NMR方法測(cè)定,可以利用基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)方法,包括分子對(duì)接、藥效基團(tuán)、從頭設(shè)計(jì)、分子動(dòng)力學(xué)等,對(duì)可購(gòu)買化合物、天然產(chǎn)物等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行虛擬篩選,并獲得潛在活性的化合物列表供進(jìn)一步活性實(shí)驗(yàn)確證。在靶標(biāo)結(jié)構(gòu)未知的情況下,盛世華康可以通過同源模建等方法建立該靶標(biāo)的可能結(jié)構(gòu),并開展進(jìn)一步的研究。
          基于配體的合理藥物設(shè)計(jì)
          如果沒有任何靶標(biāo)結(jié)構(gòu)相關(guān)的信息可以利用,可以根據(jù)已知的活性分子,根據(jù)相似性原理,開展定量構(gòu)效關(guān)系分析、藥效團(tuán)模型構(gòu)建、假想受體模型等研究,或進(jìn)行先導(dǎo)化合物的結(jié)構(gòu)優(yōu)化,快速發(fā)現(xiàn)me too, me better的化合物。
         * ADME/T特性的理論評(píng)測(cè)
          可通過理論方法預(yù)測(cè)、分析客戶所提供的苗頭或先導(dǎo)化合物的吸收、分布、代謝、排泄以及毒性(ADME/T)特性,以幫助提高這些化合物的成藥性。這些理論預(yù)測(cè)模型均基于大數(shù)據(jù)分析獲得,既包括大量的商業(yè)模型,也包括基于獨(dú)有技術(shù)開發(fā)的模型。
         表型活性的靶標(biāo)預(yù)測(cè)
          對(duì)已經(jīng)經(jīng)過表型活性確認(rèn)的分子,例如抗腫瘤、抗菌藥物,通過反向分子對(duì)接、藥效團(tuán)搜索和機(jī)器學(xué)習(xí)算法推測(cè)該活性分子的潛在靶標(biāo),并進(jìn)一步快速驗(yàn)證靶標(biāo)的正確性。對(duì)分離或者合成獲得的新穎化合物結(jié)構(gòu),可以通過上述技術(shù),預(yù)測(cè)該化合物的潛在活性,實(shí)現(xiàn)靶標(biāo)發(fā)現(xiàn),提升化合物價(jià)值。


服務(wù)流程:
          客戶提出需求-> 公司提供初步方案->雙方協(xié)商方案細(xì)節(jié)與定價(jià)->公司提供藥物設(shè)計(jì)結(jié)果->客戶反饋->后續(xù)跟進(jìn)服務(wù)

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