nrStar™ tRNA Repertoire PCR芯片技術服務

    轉運RNA (tRNA) 是生物體內分布最廣泛、含量最豐富的非編碼小RNA分子。它攜帶并轉運氨基酸，參與蛋白翻譯，是連接mRNA與蛋白質的重要橋梁。細胞增殖、分化和凋亡等一系列生物學過程都伴隨著tRNA水平的變化。反之，tRNA表達譜的改變也會影響細胞發育過程中的命運抉擇。表達失調的tRNA可以促進腫瘤的發生和癌癥進程。另外，許多其它疾病比如II型糖尿病、亨廷頓癥以及HIV感染都出現了tRNA表達與分布紊亂。tRNA研究已逐漸成為生物學過程和疾病研究的重要組成部分。
   美國Arraystar公司是非編碼RNA研究最優秀的產品服務提供商。近期Arraystar發布了市場上首款專注于tRNA研究的PCR芯片­— nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array。該款芯片可同時檢測66個細胞核tRNA和22線粒體tRNA，覆蓋了tRNA權威數據庫GtRNAdb和tRNAdb中的所有反密碼子，方便客戶快速地進行tRNA表達譜分析，為下一步的密碼子偏好性、蛋白翻譯效率和準確性、細胞動力學以及病毒感染的細胞嗜性等研究提供重要線索，是進行tRNA研究必不可少的工具。為了保證數據可信度，芯片還包含了3個看家小RNA作為內參，3個質控對照RNA Spike-in、PCR陽性對照（PPC）和基因組DNA對照（GDC）,分別用于監測cDNA合成質量、PCR效率和基因組DNA污染。
   tRNA存在種類繁多的修飾，對其發揮功能十分關鍵。然而，這些修飾尤其是甲基化修飾會嚴重阻礙反轉錄的進行，導致cDNA合成終止或堿基錯配。為此，Arraystar專門開發了針對tRNA的反轉錄試劑盒 (rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit)。該試劑盒采用了一種高效的RNA去甲基化酶AlkB，能夠有效地去除tRNA上的甲基化修飾，極大地提高cDNA合成質量。與此試劑盒組合使用，研究人員能夠獲得更為真實可靠的tRNA表達變化，為研究蛋白質組或tRNA來源片段（tRFs）提供重要信息。

nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR 芯片產品列表

芯片特點
• 囊括GtRNAdb和tRNAdb數據庫中所有的細胞核與線粒體反密碼子
• 伴隨的去甲基化處理使得檢測結果更加真實可靠
• 所有引物均在多種細胞和組織中通過驗證
• 即拆即用型384孔板，幾小時內便可得到結果

康成tRNA Repertoire PCR芯片服務實驗流程
1. RNA抽提與質量檢測
    進行RNA常規抽提，使用NanoDrop ND-1000檢測RNA濃度和純度，使用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。詳細的樣品QC結果見Arraystar服務報告。
2. 去甲基化處理與cDNA合成
    每樣本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-004, Arraystar) 試劑盒進行去甲基化處理和反轉,合成cDNA第一鏈。詳細步驟參照Arraystar產品操作手冊。
3. Real-time PCR擴增
    將cDNA與 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR儀上進行Real-time PCR擴增。
4. 熔解曲線分析與原始數據導出
    PCR擴增完成后，進行熔解曲線分析，使用PCR儀自帶軟件導出原始數據。出具Raw Data文件夾，包含原始Ct值、PCR擴增曲線圖和熔解曲線圖。

康成tRNA Repertoire PCR芯片服務數據分析流程
1. PCR芯片數據質控
    質控參數：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述條件的樣本進入下一步分析。數據QC結果見Arraystar服務報告。
2. 數據校正與△Ct值計算
    板間校正：使用Ct(PPC)對不同PCR板進行板間校正。
    內參校正與△Ct值計算：挑選最優內參，使用內參均值計算△Ct值。
3. 差異倍數計算 (2^(-△△Ct))
    使用 △△Ct 方法計算不同樣品組之間的表達差異倍數。
4. P值計算
    對樣本組進行t檢驗，計算P值。
5. 其他常規數據分析
    散點圖分析；火山圖分析；TOP20表達上調和下調tRNA柱形圖分析
6. 提供服務報告與數據分析結果
   a. Arraystar服務報告（包括RNA樣本QC、qPCR數據QC和詳細實驗數據分析步驟）
   b. Excel芯片結果匯總表（包括tRNA列表，數據分析結果和各類圖表）
   c. Raw Data文件夾 (包含原始數據、擴增曲線圖和熔解曲線圖)

康成tRNA Repertoire PCR芯片服務部分數據分析結果展示 
1. 差異表達tRNA列表（默認篩選參數：差異倍數>1.5；P<0.05，客戶可指定篩選參數值）

2. 散點圖 (黑色斜線代表差異倍數為1，紅色斜線代表差異倍數為1.5)

3. 火山圖（黑色垂線代表差異倍數為1；粉色垂線代表上調或下調倍數為1.5；藍色水平線代表P值為0.05）

4. TOP20表達上調tRNA柱狀圖

5. TOP20表達下調tRNA柱狀圖

上海康成生物工程有限公司自2002年起專注于生物科研技術服務，是國內最早一批專業提供生命科學前沿研究技術服務的高科技企業。為進一步拓展在醫學科研服務領域業務的深度和廣度，向多譜領域發展，重塑品牌 Aksomics（數譜生物）。Aksomics全面整合公司在非編碼RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表觀遺傳學、蛋白組學等檢測方向的核心技術，依靠自身優秀的研發、技術、營銷和服務團隊，憑借國際領先的技術平臺和高標準的質控體系，形成了涵蓋表觀基因組學、轉錄組學、蛋白質組學及代謝組學等各個研究領域的一站式技術平臺。

【表觀基因組學】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測序、DNA羥甲基化測序、染色質免疫共沉淀測序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【轉錄組學】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達譜芯片、RNA測序、RNA m6A甲基化測序、small RNAs測序系列（microRNA測序、tRF&tiRNA測序、snoRNA測序、piRNA測序等）、LC-MS tRNA修飾檢測、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，Functional LncRNA）、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類PCR芯片、LncRNA實時定量PCR、環狀RNA實時定量PCR、tRF&tiRNA實時定量PCR、microRNA實時定量PCR、mRNA實時定量PCR

【蛋白組學平臺】TMT標記定量蛋白組學服務、Lable-free定量蛋白組學服務、磷酸化修飾蛋白組學服務、泛素化修飾蛋白組學服務、N-糖基化修飾蛋白組學服務、乙酰化修飾蛋白組學服務、蛋白-蛋白相互作用組學

【代謝組學】靶向代謝組學、非靶向代謝組學

【外泌體組學】外泌體轉錄組學、外泌體蛋白質組學、外泌體代謝組學
康成生物為Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等國際知名品牌提供技術服務。康成客戶采用各類技術服務發表的SCI論文已超560篇。康成生物將持續聚焦生命科學發展的挑戰，提供有競爭力的產品和服務，持續為客戶創造最大價值。

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