miRStar™ Cancer Focus microRNA PCR芯片技術服務

    美國Arraystar公司是非編碼RNA研究領域的領導者， 近期Arraystar公司發布了創新性的miRStarTM 癌癥特異性microRNA PCR系統，能夠幫助客戶快速篩選microRNA分子標志物，或是解析microRNA的調控機制和功能。其中，miRStar™癌癥特異性 microRNA芯片聚焦于血清Oncomir（癌癥相關的miRNA）,是microRNA癌癥分子標志物的篩選利器；而miRStar™癌癥特異性microRNA & 靶基因 PCR芯片能夠同時檢測癌癥相關的microRNA和它們的靶基因，評估這些microRNA對靶標mRNA的調控活性，從而幫助研究者篩選到癌癥中最為核心的功能microRNA分子，并迅速了解其調控機制和功能。
 

康成生物是Arraystar公司中國地區唯一代理商，獨家為您提供Arraystar公司miRStar™microRNA PCR芯片全程一站式技術服務，您只需要提供保存完好的組織或細胞標本，康成的芯片技術服務人員就可為您完成全部實驗操作，并提供完整的實驗報告。

miRStar™癌癥特異性 microRNA PCR芯片產品列表

服務	芯片	規格	描述
NEW   miRStar™ Human Cancer Focus microRNA PCR Array Service	NEW Human Cancer Focus microRNA PCR Array	384-well plate	184個血清Oncomir
NEW  miRStar™ Human Cancer Focus microRNA & Target mRNA PCR Array Service	NEW Human Cancer Focus microRNA & Target mRNA PCR Array	384-well plate	184個癌癥相關的microRNA + 178個靶基因

 

miRStar™癌癥特異性 microRNA芯片 ---聚焦于血清Oncomir,分子標志物篩選利器

聚焦于血清Oncomir

    microRNA在癌癥等疾病狀態下發生顯著的表達改變，多年積累的大量研究結果支持microRNA與癌癥的密切關系。近年來，研究進一步發現，microRNA在血清，血漿，尿液等臨床樣品中穩定存在。基于microRNA，特別是血清血漿microRNA 的癌癥分子生物學標記物（biomarker）篩選方興未艾。為了幫助客戶篩選microRNA癌癥分子標志物，Arraystar公司創新性的開發了miRStar™癌癥特異性 microRNA芯片。 miRStar™癌癥特異性 microRNA芯片聚焦于血清血漿Oncomir。它涵蓋了184個從最新的權威數據庫和經典文獻中精心收集的，與胃癌﹑肝癌﹑肺癌﹑乳腺癌﹑卵巢癌﹑結直腸癌﹑胰腺癌﹑前列腺癌等常見腫瘤相關的microRNA（Oncomir）。更為重要的是，這些癌癥相關的microRNA都在血清樣品中經過了嚴格的測試，證明了其在血清中的穩定存在，因此非常適合于分子標志物的篩選。

 

 

*圖釋：血清microRNA是重要的癌癥診斷分子標記物
                                                   

microRNA作為分子生物學標記物的優勢

    ● 在血清/血漿，FFPE等臨床樣品中高度穩定

    ● miRNA表達的呈現出高度的組織/疾病特異性

    ● 單個miRNA往往可以調控數以百計的靶基因，因此只需通過少量的miRNA分子標志物就可相對準確的對疾病進行診斷和預后判斷

    ● miRNA是重要的調控分子，不僅可以用作診斷（diagnosis）和預后（prognosis）標志物還可以作為治療靶點

 

最優的覆蓋—對癌癥相關的microRNA最全面，最及時的收集

    Arraystar實時的關注各種權威的文獻和數據庫，并通過嚴謹的篩選流程從中收集癌癥關系最密切的microRNA。miRStar™ 癌癥特異性microRNA PCR芯片是市場上對癌癥相關的microRNA覆蓋最全面、更新最及時、最合理的PCR芯片產品(見下表)。

 

癌癥類型	microRNA數目
乳腺癌	157
胃癌	97
肺癌	156
肝癌	113
卵巢癌	123
結直腸癌	130
胰腺癌	139
前列腺癌	140

*圖釋：miRStar™癌癥特異性 microRNA PCR芯片覆蓋的與特定癌癥相關的microRNA數目。

 

驗證過的性能—芯片上的所有microRNA引物都在血清樣品中驗證過

    miRStar™ 癌癥特異性microRNA PCR芯片上每條microRNA引物都經過了精心的設計，并且在血清血漿樣品中進行了驗證（見下圖）。預驗證的結果既確保了芯片的可靠性，又證實了這些癌癥相關的microRNA在血清血漿中的穩定性，進一步預示了其作為癌癥分子標志物的可能性。

*圖釋：在血清樣品中，使用miRStar™ 預驗證的 hsa-miR-142-3p特異性PCR引物的實時定量PCR擴增曲線（A）和熔解曲線（B）。溶解曲線呈現銳利的單峰，表明了反應具有很高的特異性。

同時檢測兩個樣品—樣品間技術誤差可以忽略不計

    miRStar™癌癥特異性 microRNA PCR芯片可以在同一塊PCR板上同時檢測2個樣品，如癌癥樣品 vs 正常樣品或是兩個生物學重復，樣品間的技術誤差幾乎可以忽略不計。

 

miRStar™癌癥特異性 microRNA & 靶基因芯片 ---同時檢測microRNA和靶基因,microRNA功能解析利器

    microRNA可以通過堿基互補的方式和靶標mRNA結合，而后降解mRNA沉默基因的表達。一個microRNA 可以調控近百個不同的mRNA分子，另一方面，一個mRNA也能夠結合多個不同的microRNA. 由此形成microRNA-靶基因網絡調控關系。在癌癥研究領域中，microRNA已經成為一個非常重要的部分。不同類型癌癥樣品具有不同的基因表達模式，因此，即使是相同的microRNA，它們在不同類型的癌癥樣品中的調控的靶基因往往是不同的。

    傳統的microRNA檢測平臺只檢測microRNA的表達狀況，不能平行的檢測microRNA和靶基因，從而無法全面的了解microRNA-靶基因調控網絡。

    Arraystar公司開創性的設計了miRStar™microRNA PCR芯片系統，可以同時檢測癌癥相關的microRNA和它們的靶基因。它不僅能夠快速檢測樣品中癌癥相關的microRNA的表達變化，還可以評估這些microRNA對靶標mRNA的調控活性，從而幫助研究者篩選到疾病中最為核心的功能microRNA分子，并迅速了解其調控機制和功能。

 

同時檢測癌癥相關的microRNA和靶基因

    miRStar™癌癥特異性microRNA & 靶基因 PCR芯片包含癌癥相關的184個microRNA以及這些microRNA的178個靶標mRNA分子。184個microRNA是從最新的文獻中精心篩選，涵蓋了與胃癌，肝癌，肺癌，乳腺癌，卵巢癌，結直腸癌，胰腺癌，前列腺癌等常見腫瘤相關的microRNA（見下表）。178個靶mRNA有大量的文獻支持，其表達水平的變化與腫瘤中microRNA的功能活性改變有關。通過創新性的實驗設計（見下圖），miRStar™癌癥特異性microRNA & 靶基因 PCR芯片實現了對microRNA和 靶mRNA的同時檢測，采用高效，優化的實驗流程，起始RNA量可低至50ng。

*圖釋：miRStar™癌癥特異性microRNA & 靶基因 PCR芯片包含的microRNA（黃色背景），mRNA（紫色背景）和內參（紅色方框）.

*圖釋：miRStar™癌癥特異性microRNA & 靶基因PCR芯片工作流程。

康成生物microRNA PCR芯片主要實驗流程

1.樣品RNA抽提

   a.實驗對象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用BioPulverizerTM冰凍粉碎組織，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（Invitrogen），使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。

   b.實驗對象為細胞樣品，每份樣品取1×106～1×107細胞，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（樣品為貼壁細胞，每10cm2培養皿TRIzol使用量為1ml），裂解后抽提RNA。

2.DNase I消化RNA樣品

   DNase I在37°C溫育處理RNA樣品，去除RNA抽提過程中可能混入的基因組DNA。

3.RNA純化

   RNeasy MinElute純化試劑盒（Qiagen）對DNase I處理的RNA樣品純化回收，以得到單純的RNA樣本。

4.RNA質量檢測

   a.使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。

   b.用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。

   c.提供RNA QC報告。

5.cDNA合成

   按照miRStarTM第一鏈cDNA合成試劑盒使用說明將樣品RNA逆轉錄為cDNA (oligo dT和miRStarTM microRNA反轉引物)。

6.實時定量PCR

   按照芯片說明將cDNA模板適當稀釋后加入到實時定量PCR反應混合液中，然后在含有基因特異性引物的384孔板各孔中加入等量反應液，進行實時定量PCR反應。

7.數據分析

   利用配套軟件計算PCR芯片中的各個基因的Ct值，采用公認的ΔΔCt方法比較基因的表達變化。

   a.計算每個處理組中的每個microRNA和靶基因的ΔCt（microRNA和靶基因分別用各自的內參基因）。

   ΔCt (Ctrl) = average Ct - average of HK genes’Ct for Ctrl array

   ΔCt (Exp) = average Ct - average of HK genes’Ct for Exp array

   b.計算2個PCR Array中每個基因的ΔΔCt。

   ΔΔCt = ΔCt (Exp) - ΔCt (Ctrl)

   c.通過2-ΔΔCt計算Exp（實驗組）與Ctrl（對照組）間基因的表達差異。

8.提供實驗報告

   Gene table（PCR板所含的基因列表）

   Excel芯片結果匯總表（包括芯片原始結果、數據分析和各種圖表）

 

康成生物microRNA PCR芯片數據分析

1. 差異microRNA篩選

    microRNA的qPCR數據展示在“microRNA expression data”數據表格中，表達有差異（>2倍）或有顯著性（P<0.05）的數據用有顏色的字體標注，客戶可以很方便的根據自身要求，利用倍數變化和P值在列表中篩選差異microRNA，常用篩選標準：倍數變化>2倍，P<0.05。

 

 

*圖釋：差異microRNA篩選示例

 

2. 差異mRNA篩選 (僅適用于miRStar™癌癥特異性 microRNA & 靶基因芯片)

    靶mRNA的qPCR數據展示在“mRNA expression data”數據表格中，表達有差異（>2倍）或有顯著性（P<0.05）的數據用有顏色的字體標注，客戶可以很方便的根據自身要求，利用倍數變化和P值在列表中篩選差異microRNA，常用篩選標準：倍數變化>2倍，P<0.05。

 

 

 

*圖釋：差異mRNA篩選示例

 

3. 差異microRNA與靶mRNA的聯合分析 (僅適用于miRStar™癌癥特異性 microRNA & 靶基因芯片)

    我們還將差異表達的microRNA（一般篩選標準為：倍數變化>=2倍，P<0.05）與其靶mRNA的表達數據進行整合，相應的數據展示在“microRNA-mRNA data”數據表格中。如果microRNA的靶基因與其表達趨勢相反，并且也在樣品組間呈現出顯著性的差異，那么在此類樣品中這個靶基因可能是此microRNA真實的靶基因。microRNA與靶mRNA的作用位點，可能的細胞學功能，以及相應的實驗證據來源也列在表格中。

 

 

*圖釋： 差異microRNA和靶mRNA的聯合分析示例

4. 散點圖
     客戶可以根據散點圖直觀的看到表達上下調的基因，及其上下調程度

*圖釋：散點圖示例。位于灰色條帶上方的是上調倍數大于2倍的microRNA/mRNA，位于灰色條帶下方的是下調倍數大于2倍的microRNA/mRNA

 

5. 3D圖
     可以直觀的了解表達上下調的基因，及其在PCR板上的位置

 

*圖釋：3D圖示例。縱軸為基因表達倍數變化，橫縱軸分別代表相應基因在PCR板上的位置。

mirstar芯片microRNA列表.pdf

 

 

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【表觀基因組學】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測序、DNA羥甲基化測序、染色質免疫共沉淀測序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【轉錄組學】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達譜芯片、RNA測序、RNA m6A甲基化測序、small RNAs測序系列（microRNA測序、tRF&tiRNA測序、snoRNA測序、piRNA測序等）、LC-MS tRNA修飾檢測、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，Functional LncRNA）、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類PCR芯片、LncRNA實時定量PCR、環狀RNA實時定量PCR、tRF&tiRNA實時定量PCR、microRNA實時定量PCR、mRNA實時定量PCR

【蛋白組學平臺】TMT標記定量蛋白組學服務、Lable-free定量蛋白組學服務、磷酸化修飾蛋白組學服務、泛素化修飾蛋白組學服務、N-糖基化修飾蛋白組學服務、乙酰化修飾蛋白組學服務、蛋白-蛋白相互作用組學

【代謝組學】靶向代謝組學、非靶向代謝組學

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