利用多對(duì)引物/探針?lè)治霰容^qRT-PCR和ddPCR兩種方法對(duì)SARS-COV-2檢測(cè)
利用多對(duì)引物/探針?lè)治霰容^qRT-PCR和ddPCR兩種方法對(duì)SARS-COV-2檢測(cè)
Analytical comparisons of SARS-COV-2 detection by qRT-PCR and ddPCR with multiple primer/probe sets
發(fā)表期刊：Emerging Microbes & Infections 2020 影響因子：6.9
作者單位：a State Key Laboratory of Virology, Modern Virology Research Center, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan, People’s Republic of China;
b State Key Laboratory of Virology, Renmin Hospital, Wuhan University, Wuhan, People’s Republic of China;
c Department of Infectious Disease, Zhongnan Hospital, Wuhan University, Wuhan, People’s Republic of China;
d Frontier Science Center for Immunologyand Metabolism, Wuhan University, Wuhan, People’s Republic of China
研究目的
通過(guò)使用不同的引物探針對(duì)比較qRT-PCR和ddPCR兩種檢測(cè)方法對(duì)SARS-COV-2的檢測(cè)情況。
研究背景
SARS-CoV-2的大流行對(duì)臨床病原體診斷提出了迫切的要求。實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qRT-PCR）測(cè)定法是檢驗(yàn)的金標(biāo)準(zhǔn)，已被廣泛用于快速檢測(cè)SARS-CoV-2感染。但是，qRT-PCR結(jié)果不準(zhǔn)確的問(wèn)題日益暴露，qRT-PCR的假陰性報(bào)告（FNR）不可避免的，這可能會(huì)影響及時(shí)診斷，早期治療，預(yù)防傳播和評(píng)估出院標(biāo)準(zhǔn)。液滴數(shù)字PCR（ddPCR）用于SARS-CoV-2核酸檢測(cè)的補(bǔ)充使用可以最大程度地減少FNR。
研究人群和樣本采集
本研究中，我們使用健康人和SARS-CoV-2感染患者的鼻咽拭子cDNA，在相同條件嚴(yán)格比較了8種常用的引物/探針組的qRT-PCR和ddPCR的性能。
實(shí)驗(yàn)結(jié)果
圖1A為RT-PCR檢測(cè)結(jié)果，在健康人樣本為陰性對(duì)照，其中引物對(duì)UCDC-N1、UCDC-N2、CCDC-N CT值<40表明有非特異性擴(kuò)增這樣易導(dǎo)致10−4和10−3稀釋的低病毒載量的樣本檢測(cè)結(jié)果易出現(xiàn)假陽(yáng)性， 相反，在沒(méi)有非特異擴(kuò)增的引物探針對(duì)中， UCDC-N3，HKU-，Charité-E和HKU-ORF的檢測(cè)低載量的病毒樣本時(shí)，易出現(xiàn)假陰性。并且根據(jù)結(jié)果來(lái)看最靈敏的引物探針對(duì)CCDC-ORF在10−4稀釋時(shí)可以檢測(cè)到3/10（30％）陽(yáng)性樣品。另外，引物探針對(duì)CCDC-ORF在病毒載量低時(shí)CT值范圍從35.5到39.4，一致性較差，在病毒載量較高時(shí)結(jié)果一致性較好表明qRT-PCR仍然是檢測(cè)正常病毒的可靠方法。
圖B表示使用相同引物/探針組的ddPCR結(jié)果，表明ddPCR在低病毒載量樣本的檢測(cè)總體上有所改善。健康樣本對(duì)照中，盡管顯示UCDC-N1和N2有擴(kuò)增背景但它們?nèi)匀豢梢詤^(qū)分低病毒載量樣品（稀釋10−4）。此外，雖然UCDC-N3，HKU-N和CCDC-N顯示較低的非特異性擴(kuò)增背景，Charité-E，HKU-ORF和CCDC-ORF沒(méi)有任何非特異性擴(kuò)增，但是，所有低病毒載量的樣本都可以產(chǎn)生正確的陽(yáng)性報(bào)告。因此，ddPCR可以在病毒載量較低時(shí)，可以顯著減少檢測(cè)中的FNR和FPR。
關(guān)于我們
廣州永諾生物科技有限公司成立于2010年，總部位于廣州國(guó)際生物島，是一家專注于醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)開發(fā)與服務(wù)、分子診斷產(chǎn)品研發(fā)與生產(chǎn)的高新技術(shù)企業(yè)。公司目前占地面積近6000㎡，其中碩、博士以上學(xué)歷員工占比近40%。公司依托先進(jìn)的技術(shù)力量以及優(yōu)秀的人才儲(chǔ)備，在科研服務(wù)、醫(yī)學(xué)檢測(cè)和數(shù)字PCR產(chǎn)品三大業(yè)務(wù)上保持領(lǐng)先的競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。
公司成立至今申請(qǐng)國(guó)家專利40多項(xiàng)，授權(quán)21項(xiàng)，計(jì)算機(jī)軟件著作權(quán)8項(xiàng)，廣東省高新技術(shù)產(chǎn)品證書8項(xiàng)，省、市等科技計(jì)劃項(xiàng)目10多項(xiàng)，2018年入圍了大灣區(qū)生物科技創(chuàng)新企業(yè)50強(qiáng)，獲得國(guó)家高新技術(shù)企業(yè)，廣州市科技創(chuàng)新小巨人企業(yè)、廣東省高新技術(shù)企業(yè)培育庫(kù)入庫(kù)企業(yè)、廣州市企業(yè)研發(fā)機(jī)構(gòu)等榮譽(yù)稱號(hào)。
永諾醫(yī)療是永諾生物的全資子公司，以“中國(guó)智造”為己任，專注于數(shù)字PCR儀器與應(yīng)用試劑的研發(fā)，并于2017年成功研發(fā)了國(guó)內(nèi)首款擁有完全自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的MicroDrop®系列微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng)并投入生產(chǎn)。
Analytical comparisons of SARS-COV-2 detection by qRT-PCR and ddPCR with multiple primer/probe sets
發(fā)表期刊：Emerging Microbes & Infections 2020 影響因子：6.9
作者單位：a State Key Laboratory of Virology, Modern Virology Research Center, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan, People’s Republic of China;
b State Key Laboratory of Virology, Renmin Hospital, Wuhan University, Wuhan, People’s Republic of China;
c Department of Infectious Disease, Zhongnan Hospital, Wuhan University, Wuhan, People’s Republic of China;
d Frontier Science Center for Immunologyand Metabolism, Wuhan University, Wuhan, People’s Republic of China
研究目的
研究背景
研究人群和樣本采集
本研究中，我們使用健康人和SARS-CoV-2感染患者的鼻咽拭子cDNA，在相同條件嚴(yán)格比較了8種常用的引物/探針組的qRT-PCR和ddPCR的性能。
實(shí)驗(yàn)結(jié)果
圖B表示使用相同引物/探針組的ddPCR結(jié)果，表明ddPCR在低病毒載量樣本的檢測(cè)總體上有所改善。健康樣本對(duì)照中，盡管顯示UCDC-N1和N2有擴(kuò)增背景但它們?nèi)匀豢梢詤^(qū)分低病毒載量樣品（稀釋10−4）。此外，雖然UCDC-N3，HKU-N和CCDC-N顯示較低的非特異性擴(kuò)增背景，Charité-E，HKU-ORF和CCDC-ORF沒(méi)有任何非特異性擴(kuò)增，但是，所有低病毒載量的樣本都可以產(chǎn)生正確的陽(yáng)性報(bào)告。因此，ddPCR可以在病毒載量較低時(shí)，可以顯著減少檢測(cè)中的FNR和FPR。
圖1. 不同引物/探針組的qRT-PCR和ddPCR結(jié)果
- 使用不同引物/探針組進(jìn)行qRT-PCR的結(jié)果。橫坐標(biāo)為稀釋倍數(shù)（轉(zhuǎn)換為log10），縱坐標(biāo)為Ct值， ND為陰性CT值≥40。
- 使用不同引物/探針組的ddPCR結(jié)果。橫坐標(biāo)為稀釋倍數(shù)（轉(zhuǎn)換為log10）縱坐標(biāo)為拷貝數(shù)。ND為陰性0拷貝。對(duì)于每個(gè)引物探針組，綠色陰影區(qū)域?yàn)榻】等说臉颖荆↖gM / IgG陰性），超出該閾值為陽(yáng)性。
結(jié)果討論
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結(jié)合成像，血清測(cè)試以及經(jīng)驗(yàn)豐富的臨床醫(yī)生的判斷，而不是僅僅依靠qRTPCR。總之，qRT-PCR適用于大規(guī)模診斷正常病毒載量樣本中病毒感染的檢測(cè)。但是，對(duì)靈敏度和精度有特殊要求的定量ddPCR將是更理想的方法 。
文章下載地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmid/32448084/
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廣州永諾生物科技有限公司成立于2010年，總部位于廣州國(guó)際生物島，是一家專注于醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)開發(fā)與服務(wù)、分子診斷產(chǎn)品研發(fā)與生產(chǎn)的高新技術(shù)企業(yè)。公司目前占地面積近6000㎡，其中碩、博士以上學(xué)歷員工占比近40%。公司依托先進(jìn)的技術(shù)力量以及優(yōu)秀的人才儲(chǔ)備，在科研服務(wù)、醫(yī)學(xué)檢測(cè)和數(shù)字PCR產(chǎn)品三大業(yè)務(wù)上保持領(lǐng)先的競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。
公司成立至今申請(qǐng)國(guó)家專利40多項(xiàng)，授權(quán)21項(xiàng)，計(jì)算機(jī)軟件著作權(quán)8項(xiàng)，廣東省高新技術(shù)產(chǎn)品證書8項(xiàng)，省、市等科技計(jì)劃項(xiàng)目10多項(xiàng)，2018年入圍了大灣區(qū)生物科技創(chuàng)新企業(yè)50強(qiáng)，獲得國(guó)家高新技術(shù)企業(yè)，廣州市科技創(chuàng)新小巨人企業(yè)、廣東省高新技術(shù)企業(yè)培育庫(kù)入庫(kù)企業(yè)、廣州市企業(yè)研發(fā)機(jī)構(gòu)等榮譽(yù)稱號(hào)。
永諾醫(yī)療是永諾生物的全資子公司，以“中國(guó)智造”為己任，專注于數(shù)字PCR儀器與應(yīng)用試劑的研發(fā)，并于2017年成功研發(fā)了國(guó)內(nèi)首款擁有完全自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的MicroDrop®系列微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng)并投入生產(chǎn)。
標(biāo)簽：
數(shù)字PCR
SARS-COV-2
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