特殊物種的細胞因子的選擇與攻克難題判斷種屬交叉反應的關鍵

瀏覽次數：2184　發布日期：2020-7-31　來源：本站　僅供參考，謝絕轉載，否則責任自負

細胞因子是由免疫細胞（淋巴細胞、單核-巨噬細胞等）和相關細胞（成纖維細胞、內皮細胞等）產生的調節細胞功能的高活性多功能多肽或蛋白質分子，通過結合細胞表面的相應受體發揮生物學作用。不同哺乳動物在進化過程中其分泌的細胞因子氨基酸序列存在差異，這就告訴我們在進行實驗時需要選擇對應種屬的細胞因子。然而世界上的物種豐富多彩，從無脊柱動物到脊椎動物都可能有細胞因子的表達，而且各種動物都可能成為生物學家的研究對象，有時需要特定動物，如牛、狗、貓、魚等的細胞因子來做實驗，但是商品化的細胞因子多數是重組人、大鼠或小鼠的，針對特殊物種的重組細胞因子很難買到。那么如何確定重組人、大鼠或小鼠的細胞因子是否能用于培養特殊動物來源的細胞呢？攻克難題，判斷種屬之間的交叉反應是關鍵！

☟ 我們推薦通過以下途徑來獲得信息。

一、PeproTech的官方網站

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在瀏覽器的地址欄輸入：www.peprotech.com；

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根據產品名稱(如Recombinant Human VEGF165 )或產品編號(Cat#100-20)找到您需要了解的細胞因子；

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點擊該細胞因子的鏈接，向下翻動頁面，找到“Cross Reactivity Cited in References (引自文獻的交叉反應)”欄；

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在“Cross Reactivity Cited in References (引自文獻的交叉反應)”欄，可看到Recombinant Human VEGF165(Cat#100-20)已應用的種屬，如雞(Chicken)、牛(Cow)、豚鼠(Guinea Pig)、馬(Horse)、人(Human) 、豬(Pig) 、兔(Rabbit)、大鼠 (Rat) 羊(Sheep)、鱒魚(Trout) 和斑馬魚(Zebra Fish)等(見下圖1)。

圖1

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點擊相應種屬鏈接如鱒魚(Trout)(如上圖1紅色箭頭所示)，即可查得對應參考文獻(見下圖
2)。

圖2

二、利用PubMed的BLAST工具

利用PubMed的BLAST工具，將已知種屬細胞因子的氨基酸序列與PubMed數據庫中您感興趣的種屬蛋白序列進行同源比對。一般來說，不同種屬間蛋白同源性(序列一致性)高于80%時基本可確定為有交叉活性。我們以比對Recombinant Human EPO(Cat#100-64)與PubMed數據庫中牛的EPO同源性為例，進行示范。

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首先打開PubMed主頁(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/)，向下翻動頁面，找到BLAST入口(如下圖3)。

圖3

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在Web BLAST欄選擇Protein BLAST(如下圖4)。

圖4

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在PeproTech官網輸入100-64，點擊該產品鏈接，找到Recombinant Human EPO的氨基酸序列(如下圖5)。

圖5

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將該氨基酸序列，復制粘貼至氨基酸序列框(如下圖6)。

圖6

▼ 05

點擊BLAST按鍵進行比對(如下圖7)。

圖7

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比對速度因個人瀏覽器及網速不同會有所差異。此時比對的是數據庫中的所有種屬，可在篩選欄限定您感興趣的種屬進行查詢。如在Organism欄輸入Bos Taurus(牛的拉丁文名稱)，點擊Filter鍵進行篩選(如下圖8)，即可迅速找到與牛EPO比對的Per Ident值為83.23％(如下圖9)。說明已知的Recombinant Human EPO可以嘗試應用于牛細胞培養。