1. 帶電顆粒的性質
凈電荷多少、顆粒大小及形狀。一般凈電荷多，直徑小而且近于球狀，則泳動速度快，反之則慢。

 

2. 電場強度（電位梯度）
指單位長度（cm）支持物體上的電位降，它對泳動度起著十分重要的作用。一般電場強度越高，帶電顆粒移動速度越快。根據(jù)電場強度可將電泳分為低壓（常壓）電泳100—500V，電場強度為2—10V/cm，分離時間需要數(shù)小時、數(shù)天或更長。高壓電泳500—1000V，電場強度20—200V/cm，電泳時間短。有時僅需幾分鐘，主要用于氨基酸、肽、核苷酸。由于電壓增高電流增大需要冷卻裝置。

 

3. 溶液的PH 
溶液的pH值決定帶電顆粒的解離程度。也決定物質所帶凈電荷的多少。對氨基酸、蛋白質等兩性電解質而言，溶液PH值離等電點越遠，顆粒所帶凈電荷越多，電泳速度越快。反之越慢。血清中：白蛋白pI 4.0；α2球蛋白 pI 5.06；β球蛋白 pI 5.1；γ球蛋白 pI 7.1。在pH 8.6的緩沖液中電泳時，都帶負電荷，其泳動速度為：白蛋白>α2球蛋白>β球蛋白>γ球蛋白。為了利于分離蛋白質混合液，應選擇一種使各種蛋白質所帶電荷差異明顯的pH值。

 

4. 溶液的離子強度
在保持足夠緩沖能力的前提下，離子強度要求最小。溶液離子強度越高，帶電顆粒泳動速度越慢，反之越快。通常選擇在0.05—0.1 mol/L之間。緩沖溶液離子強度可通過下列公式計算：I=0.5ΣcZ2；I為溶液的離子強度；c為離子濃度；Z為離子價數(shù)。如:0.154 mol/L的NaCl溶液的離子強度。I=0.5（0.154﹒12+0.154﹒12）=0.154。

 

5. 電滲作用
在有支持物的電泳時影響電泳的另一個重要因素是電滲作用。電滲作用：在電場中，溶液對固體支持物的相對移動。電滲作用根據(jù)支持介質的不同而產(chǎn)生不同程度和不同方向的電滲流動。因此電滲作用與電泳速度關系密切。