m5C RNA甲基化測序（m5C MeRIP-seq）技術介紹與應用
m5C是RNA百余種修飾中研究較多的一種。m5C存在于tRNA上時，可以對翻譯進行調節；存在于rRNA上時，可以對核糖體的生物合成進行質控；存在于mRNA上時，則可以影響mRNA的結構、穩定性及翻譯過程。
m5C RNA修飾的檢測，易基因采用基于抗體富集的甲基化RNA免疫沉淀測序方法（m5C MeRIP-seq），該技術利用m5C特異性抗體富集發生m5C修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結合高通量測序，對RNA上的m5C修飾進行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。
適用于不同科研需求的m5C-seq技術：
RNA樣品→文庫構建→上機測序→數據分析
實驗策略：
分析內容：
送樣要求：
典型案例
NSUN2介導的m5C RNA甲基化通過促進PFAS mRNA穩定性和表達來決定視網膜母細胞瘤的進展
NSUN2-mediated m5C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression
背景
NSUN2介導的N5-甲基胞嘧啶（m5C）修飾通過激活癌基因或抑制腫瘤抑制因子參與多種腫瘤的細胞增殖和侵襲。m5C在RNA代謝中起重要作用，對于維持表觀基因組穩態至關重要。然而，m5C修飾在致癌過程中的作用尚未完全明確。
方法
本研究通過視網膜母細胞瘤（RB）細胞和臨床樣品中的mRNA分離和抗m5C dot blot試驗檢測全局和mRNA m5C水平。建立原位眼內異種移植模型以檢查RB的致癌行為，并進行全基因組多組學分析以鑒定NSUN2的功能靶標，包括蛋白質組學分析，轉錄組篩選和m5C甲基化RNA免疫沉淀測序（m5C meRIP-seq）。此外進行了基于類器官的單細胞分析和基因相關性分析，以驗證NSUN2/ALYREF/m5C PFAS致癌級聯反應。
結果
研究結果表明，NSUN2介導的m5C RNA甲基化在RB的致癌過程中促進嘌呤的生物合成。
圖：m5C meRIP-seq鑒定NSUN2的潛在RNA靶標
參考文獻：
Zuo S,et al.NSUN2-mediated m5 C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression. Clin Transl Med. 2023 May;13(5):e1273. doi: 10.1002/ctm2.1273.
m5C RNA修飾的檢測，易基因采用基于抗體富集的甲基化RNA免疫沉淀測序方法（m5C MeRIP-seq），該技術利用m5C特異性抗體富集發生m5C修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結合高通量測序，對RNA上的m5C修飾進行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。
適用于不同科研需求的m5C-seq技術：
- m5C甲基化-常量mRNA 甲基化測序（m5C-seq）
- m5C甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序（lnc-m5C-seq）
- m5C甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序（Micro-lnc-m5C-seq）
- 起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，最低僅需1μg總RNA；
- 轉錄組范圍內：可以同時檢測mRNA和lncRNA；
- 樣本要求：可用于動物、植物、細胞及組織的m5C檢測；
- 重復性高：IP富集重復性高，最大化降低抗體富集偏差
- 應用范圍廣：廣泛應用于組織發育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥的發生與發展、藥物應答等研究領域。
RNA樣品→文庫構建→上機測序→數據分析
實驗策略：
分析內容：
送樣要求：
典型案例
NSUN2介導的m5C RNA甲基化通過促進PFAS mRNA穩定性和表達來決定視網膜母細胞瘤的進展
NSUN2-mediated m5C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression
背景
NSUN2介導的N5-甲基胞嘧啶（m5C）修飾通過激活癌基因或抑制腫瘤抑制因子參與多種腫瘤的細胞增殖和侵襲。m5C在RNA代謝中起重要作用，對于維持表觀基因組穩態至關重要。然而，m5C修飾在致癌過程中的作用尚未完全明確。
方法
本研究通過視網膜母細胞瘤（RB）細胞和臨床樣品中的mRNA分離和抗m5C dot blot試驗檢測全局和mRNA m5C水平。建立原位眼內異種移植模型以檢查RB的致癌行為，并進行全基因組多組學分析以鑒定NSUN2的功能靶標，包括蛋白質組學分析，轉錄組篩選和m5C甲基化RNA免疫沉淀測序（m5C meRIP-seq）。此外進行了基于類器官的單細胞分析和基因相關性分析，以驗證NSUN2/ALYREF/m5C PFAS致癌級聯反應。
結果
研究結果表明，NSUN2介導的m5C RNA甲基化在RB的致癌過程中促進嘌呤的生物合成。
- 與正常視網膜相比，RBs中的全局和mRNA m5C水平顯著富集。
- 在RB樣品和細胞系中NSUN2的腫瘤特異性表達增加。
- 在治療上，NSUN2的靶向校正在體外和體內均對RB中表現出有效的治療功效。
- 通過多組學分析，鑒定出嘌呤生物合成中的重要磷酸核糖甲酰甘氨酸脒合酶（PFAS）是NSUN2的下游候選靶標。PFAS的重新引入在很大程度上逆轉了NSUN2缺陷型RB細胞的抑制表型，表明PFAS是NSUN2的功能性下游靶標。
- m5C reader蛋白ALYREF負責識別PFAS的m5C修飾，通過增強其RNA穩定性來增加其表達。
圖：m5C meRIP-seq鑒定NSUN2的潛在RNA靶標
參考文獻：
Zuo S,et al.NSUN2-mediated m5 C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression. Clin Transl Med. 2023 May;13(5):e1273. doi: 10.1002/ctm2.1273.
標簽：
DNA甲基化
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