殺菌滲透增強蛋白對革蘭陰性菌的毒性作用表現(xiàn)為兩個階段，即早期可逆性損傷階段和晚期不可逆性損傷階段。

（1）殺菌滲透增強蛋白通過其口袋與革蘭陰性菌膜上的LPS等磷脂成分結(jié)合，造成直接的細(xì)菌生長停滯；生長停滯與細(xì)胞外膜的改變有關(guān)，兩者的效應(yīng)起初為可逆性。當(dāng)殺菌滲透增強蛋白或rBPI₂₃與革蘭陰性菌外膜LPS內(nèi)核和脂質(zhì)A區(qū)的相應(yīng)部位結(jié)合后，1min之內(nèi)即可使細(xì)菌停止分裂，此時細(xì)菌外膜上疏水性滲透屏障遭到破壞，可使菌體內(nèi)某些降解外膜磷脂和肽聚糖的酶類激活，從而導(dǎo)致細(xì)胞外膜損傷。但是這種外膜損傷是可逆的，經(jīng)過適當(dāng)處理后外膜損傷可以修復(fù)﹐細(xì)菌繼續(xù)生長。因此，殺菌滲透增強蛋白或rBPIzs對革蘭陰性菌的早期僅僅表現(xiàn)為一種抑菌效應(yīng)。

（2）隨著時間的延長和孵育條件的改變?nèi)鏿H值的變化，胞質(zhì)膜上影響細(xì)菌能量代謝的部位發(fā)生結(jié)構(gòu)和功能的改變，此時損傷不可修復(fù)，細(xì)菌不再能夠存活，表現(xiàn)為殺菌效應(yīng)。由此可見，早期的可逆性損傷效應(yīng)僅僅局限于革蘭陰性菌的外膜，而殺菌效應(yīng)與胞質(zhì)膜損壞相一致。BPI引起的殺菌效應(yīng)伴隨著細(xì)菌的細(xì)胞膜的破壞，革蘭陰性菌被PMN或BPI處理后，其結(jié)局實質(zhì)上完全相同。殺菌滲透增強蛋白介導(dǎo)PMN的吞噬過程，在防御素或p15存在條件下，殺菌滲透增強蛋白的效應(yīng)明顯增強。在其他宿主因子如補體的膜攻擊復(fù)合物和某種宿主或細(xì)菌磷脂酶等的協(xié)調(diào)作用下殺菌滲透增強蛋白使細(xì)菌生長停滯到殺菌的進程會加速。

殺菌滲透增強蛋白對許多革蘭陰性菌如大腸桿菌、銅綠假單胞菌、沙門菌、志賀痢疾桿菌、變形桿菌，奈瑟桿菌等均有抑菌和殺菌作用。但是這些細(xì)菌對殺菌滲透增強蛋白的敏感性有顯著差異。研究表明，革蘭陰性菌對殺菌滲透增強蛋白的敏感性主要取決于細(xì)菌外膜LPS的一級結(jié)構(gòu)，因為一級結(jié)構(gòu)改變勢必影響其空間構(gòu)象的變化，特別是LPS的特異性多糖鏈的長度。通常外膜LPS特異性多糖鏈越長，其位阻效應(yīng)越顯著，殺菌滲透增強蛋白與細(xì)菌之間的親和力就越低，細(xì)菌對殺菌滲透增強蛋白的敏感性也越差。反之亦然。細(xì)胞外膜的LPS的特異性多糖鏈越短，位阻效應(yīng)越小，細(xì)菌對殺菌滲透增強蛋白作用的敏感性就越高；更易被BPI所識別。例如，殺菌滲透增強蛋白對具有完整外膜LPS結(jié)構(gòu)的革蘭陰性菌的光滑型大腸桿菌等，以及特異性多糖發(fā)生缺陷的突變株等粗糙型革蘭陰性菌均有廣譜抗菌作用，但抑制這些光滑型革蘭陰性菌生長所需的殺菌滲透增強蛋白濃度為微摩爾每升水平，而抑制粗糙型革蘭陰性菌生長所需的殺菌滲透增強蛋白的濃度僅為納摩爾每升水平。這表明，細(xì)菌外膜LPS特異性多糖鏈的長度與細(xì)菌對殺菌滲透增強蛋白作用的敏感性密切相關(guān)。

目前已證實，細(xì)菌LPS中攜帶大量陰離子基團的脂質(zhì)A內(nèi)核心區(qū)，以及脂質(zhì)A的疏水部分是與殺菌滲透增強蛋白結(jié)合的部分。磷脂酰膽堿可能也是LPS結(jié)合的部位。由此可以推斷，光滑型革蘭陰性菌對殺菌滲透增強蛋白作用敏感性相對較差可能是由于細(xì)菌LPS特異性多糖能夠通過空間位阻作用干擾殺菌滲透增強蛋白對細(xì)菌LPS脂質(zhì)A內(nèi)核心區(qū)靠近，從而使殺菌滲透增強蛋白與細(xì)菌的外膜LPS結(jié)合的親和力降低所致。用完整殺菌滲透增強蛋白（nBPI₅₅ 、rBPI₅₅）和功能性殺菌滲透增強蛋白的N端片斷（nBPI₂₅ ，rBPI₂₃）對粗糙型和光滑型大腸桿菌所作的抗菌實驗結(jié)果支持上述結(jié)論。

完整殺菌滲透增強蛋白和功能性殺菌滲透增強蛋白的N端片斷對缺少特異性多糖鏈空間位阻效應(yīng)的粗糙型大腸桿菌的生長抑制作用完全相同，而對光滑型大腸桿菌的作用存在明顯差異，其中小分子功能性殺菌滲透增強蛋白的N端片斷對光滑型細(xì)菌的生長抑制作用比大分子完整殺菌滲透增強蛋白分子高50~100倍。這可能是由于，小分子殺菌滲透增強蛋白的N端片斷能順利克服細(xì)菌外膜LPS特異性多糖鏈的空間位阻干擾，易與細(xì)菌LPS的脂質(zhì)A內(nèi)核心區(qū)的相應(yīng)部位結(jié)合。細(xì)菌莢膜不能干擾殺菌滲透增強蛋白或其rBPI₂₃對革蘭陰性菌外膜的LPS的結(jié)合。

在全血實驗中，納摩爾每升濃度水平的nBPI₅₅或rBPI₅₅就可使血清中對吞噬作用抵抗的粗糙型大腸桿菌發(fā)生損傷，并可對該菌LPS介導(dǎo)的反應(yīng)產(chǎn)生強大抑制作用。殺菌滲透增強蛋白及其功能性N端片段對少數(shù)革蘭陰性菌，如肺炎克雷伯桿菌血清抵抗株的殺菌作用微弱，但對該菌誘導(dǎo)單核細(xì)胞產(chǎn)生釋放細(xì)胞因子如TNF、IL-1等的能力具有強大抑制作用。這表明該陽離子抗菌蛋白對防止革蘭陰性菌感染后引起的中毒反應(yīng)也有重要意義。體內(nèi)外實驗表明，殺菌滲透增強蛋白可保護實驗動物由靜脈或腹腔注入的大腸桿菌或銅綠假單胞菌所產(chǎn)生的致死作用；實驗動物的存活率與血液中細(xì)菌的清除率相一致。