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從昆蟲樣本提取核酸過程中的常見問題

瀏覽次數(shù):1171 發(fā)布日期:2023-5-16  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負
 問:對于干燥過的昆蟲樣品,如蚊子,這種方法是否有效?

答:對于特別干燥或陳舊的樣品,你需要先將樣品均質(zhì)化后再進行核酸提取,以獲得盡可能多的DNA。

 

問:這種方法能用于蜱蟲的提取嗎?

答:是的,《極地研究》在2015年發(fā)表了一項專注于蜱蟲傳播病原體的研究。這篇文章可以在我們的網(wǎng)站上找到。去年發(fā)表的另一項研究顯示,德克薩斯州的一個小組對大約200只蜱蟲進行了采樣,并使用MicroGEM方法提取DNA來研究分子標記,以幫助進行物種鑒定。

 

問:我可以根據(jù)昆蟲的大小來增加和減少試劑嗎?

答:可以,如前面所示,我們有小組使用昆蟲的一部分,如蚊子腿,他們將試劑縮減到10ul。如果你想從一個特別大的樣品中提取,你可以很容易地放大到100ul 200ul。你只需將試劑移入一個較大的管子,如1.5ml的Eppendorf管,并使用1.5ml的恒溫混勻儀進行加熱。擴大和縮小試劑的規(guī)模是很重要的一點,因為TDE方法在提取過程中不會濃縮DNA。最終的濃度取決于樣品的質(zhì)量,也取決于起始試劑的體積,所以正確的起始體積可以確保你的DNA樣本有一個適當?shù)臐舛取?br />
 

問:我該如何進行均質(zhì)處理?

答:只需按照你正常的方法進行均質(zhì)化。使用一個手持式均質(zhì)工具,你可以在MicroGEM試劑中研磨樣品。你也可以在液氮中冷凍樣品,然后將其磨碎。

需要考慮的是,我們的提取過程不能從混合液中去除下游的抑制劑。如果你使用的均質(zhì)化緩沖液含有可能抑制PCR或者測序的化學(xué)物質(zhì),這些化學(xué)物質(zhì)會留在混合液中,影響你的進一步分析。所以盡量不要在含有抑制PCR或測序的試劑中進行均質(zhì)處理。

 

問:該提取物是否與所有PCR試劑兼容?

答:是的,它與我們測試過的所有試劑都兼容。

 

問:我們面臨的特殊挑戰(zhàn)是處理小甲蟲(鞘翅目)。我們使用蛋白酶K,但沒法讓它通過甲殼質(zhì)進行消化。你們的酶是否能夠做到這一點?

答:由于我們的PrepGEM酶提取溫度高至75°C,所以我們對甲殼質(zhì)樣品有更好的裂解效果。一些客戶還使用昆蟲學(xué)針在每個甲蟲身體上打一個小孔,以幫助DNA的提取。
發(fā)布者:福建吉姆生物科技有限公司
聯(lián)系電話:0592-2571125
E-mail:vincent.cai@gemteke.com

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