m5C RNA甲基化測序（m5C MeRIP-seq）技術(shù)介紹與應(yīng)用
m5C是RNA百余種修飾中研究較多的一種。m5C存在于tRNA上時，可以對翻譯進行調(diào)節(jié)；存在于rRNA上時，可以對核糖體的生物合成進行質(zhì)控；存在于mRNA上時，則可以影響mRNA的結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性及翻譯過程。
m5C RNA修飾的檢測，易基因采用基于抗體富集的甲基化RNA免疫沉淀測序方法（m5C MeRIP-seq），該技術(shù)利用m5C特異性抗體富集發(fā)生m5C修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結(jié)合高通量測序，對RNA上的m5C修飾進行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。
適用于不同科研需求的m5C-seq技術(shù)：
RNA樣品→文庫構(gòu)建→上機測序→數(shù)據(jù)分析
實驗策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
典型案例
NSUN2介導(dǎo)的m5C RNA甲基化通過促進PFAS mRNA穩(wěn)定性和表達來決定視網(wǎng)膜母細胞瘤的進展
NSUN2-mediated m5C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression
背景
NSUN2介導(dǎo)的N5-甲基胞嘧啶（m5C）修飾通過激活癌基因或抑制腫瘤抑制因子參與多種腫瘤的細胞增殖和侵襲。m5C在RNA代謝中起重要作用，對于維持表觀基因組穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要。然而，m5C修飾在致癌過程中的作用尚未完全明確。
方法
本研究通過視網(wǎng)膜母細胞瘤（RB）細胞和臨床樣品中的mRNA分離和抗m5C dot blot試驗檢測全局和mRNA m5C水平。建立原位眼內(nèi)異種移植模型以檢查RB的致癌行為，并進行全基因組多組學(xué)分析以鑒定NSUN2的功能靶標(biāo)，包括蛋白質(zhì)組學(xué)分析，轉(zhuǎn)錄組篩選和m5C甲基化RNA免疫沉淀測序（m5C meRIP-seq）。此外進行了基于類器官的單細胞分析和基因相關(guān)性分析，以驗證NSUN2/ALYREF/m5C PFAS致癌級聯(lián)反應(yīng)。
結(jié)果
研究結(jié)果表明，NSUN2介導(dǎo)的m5C RNA甲基化在RB的致癌過程中促進嘌呤的生物合成。
圖：m5C meRIP-seq鑒定NSUN2的潛在RNA靶標(biāo)
參考文獻：
Zuo S,et al.NSUN2-mediated m5 C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression. Clin Transl Med. 2023 May;13(5):e1273. doi: 10.1002/ctm2.1273.
m5C RNA修飾的檢測，易基因采用基于抗體富集的甲基化RNA免疫沉淀測序方法（m5C MeRIP-seq），該技術(shù)利用m5C特異性抗體富集發(fā)生m5C修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結(jié)合高通量測序，對RNA上的m5C修飾進行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，最低僅需1μg總RNA。
適用于不同科研需求的m5C-seq技術(shù)：
- m5C甲基化-常量mRNA 甲基化測序（m5C-seq）
- m5C甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序（lnc-m5C-seq）
- m5C甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序（Micro-lnc-m5C-seq）
- 起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，最低僅需1μg總RNA；
- 轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)：可以同時檢測mRNA和lncRNA；
- 樣本要求：可用于動物、植物、細胞及組織的m5C檢測；
- 重復(fù)性高：IP富集重復(fù)性高，最大化降低抗體富集偏差
- 應(yīng)用范圍廣：廣泛應(yīng)用于組織發(fā)育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應(yīng)答、癌癥的發(fā)生與發(fā)展、藥物應(yīng)答等研究領(lǐng)域。
RNA樣品→文庫構(gòu)建→上機測序→數(shù)據(jù)分析
實驗策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
典型案例
NSUN2介導(dǎo)的m5C RNA甲基化通過促進PFAS mRNA穩(wěn)定性和表達來決定視網(wǎng)膜母細胞瘤的進展
NSUN2-mediated m5C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression
背景
NSUN2介導(dǎo)的N5-甲基胞嘧啶（m5C）修飾通過激活癌基因或抑制腫瘤抑制因子參與多種腫瘤的細胞增殖和侵襲。m5C在RNA代謝中起重要作用，對于維持表觀基因組穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要。然而，m5C修飾在致癌過程中的作用尚未完全明確。
方法
本研究通過視網(wǎng)膜母細胞瘤（RB）細胞和臨床樣品中的mRNA分離和抗m5C dot blot試驗檢測全局和mRNA m5C水平。建立原位眼內(nèi)異種移植模型以檢查RB的致癌行為，并進行全基因組多組學(xué)分析以鑒定NSUN2的功能靶標(biāo)，包括蛋白質(zhì)組學(xué)分析，轉(zhuǎn)錄組篩選和m5C甲基化RNA免疫沉淀測序（m5C meRIP-seq）。此外進行了基于類器官的單細胞分析和基因相關(guān)性分析，以驗證NSUN2/ALYREF/m5C PFAS致癌級聯(lián)反應(yīng)。
結(jié)果
研究結(jié)果表明，NSUN2介導(dǎo)的m5C RNA甲基化在RB的致癌過程中促進嘌呤的生物合成。
- 與正常視網(wǎng)膜相比，RBs中的全局和mRNA m5C水平顯著富集。
- 在RB樣品和細胞系中NSUN2的腫瘤特異性表達增加。
- 在治療上，NSUN2的靶向校正在體外和體內(nèi)均對RB中表現(xiàn)出有效的治療功效。
- 通過多組學(xué)分析，鑒定出嘌呤生物合成中的重要磷酸核糖甲酰甘氨酸脒合酶（PFAS）是NSUN2的下游候選靶標(biāo)。PFAS的重新引入在很大程度上逆轉(zhuǎn)了NSUN2缺陷型RB細胞的抑制表型，表明PFAS是NSUN2的功能性下游靶標(biāo)。
- m5C reader蛋白ALYREF負(fù)責(zé)識別PFAS的m5C修飾，通過增強其RNA穩(wěn)定性來增加其表達。
圖：m5C meRIP-seq鑒定NSUN2的潛在RNA靶標(biāo)
參考文獻：
Zuo S,et al.NSUN2-mediated m5 C RNA methylation dictates retinoblastoma progression through promoting PFAS mRNA stability and expression. Clin Transl Med. 2023 May;13(5):e1273. doi: 10.1002/ctm2.1273.
標(biāo)簽：
DNA甲基化
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