凝膠過濾色譜法能從無蛋白質的溶液中去除80%以上的內毒素活性。

超濾類似于血透，是用一種相對分子質量大約為10000的膜，通常所用的水是超純水，整個操作系統使用的儀器均為沒有內毒素污染的無菌設備。另外，在這種條件下內毒素主要以聚集物的形式存在，所以更加安全可靠。但是需要注意的是，雖然這是一個緩慢的過程，然在溫度較高（～100℃）或酸性環境下（pH3.5～4.5）時，部分內毒素分子被分解，從而使內毒素分子的實際毒性部分脂質A（相對分子質量2000~4000）大量釋放出來，給內毒素的去除帶來麻煩。

超濾法也可將內毒素從相對分子質量小的產物溶液中去除，如葡萄糖、鹽、許多化學物和不能透過射線的物質以及大多數抗生素等。相對分子質量為10000的膜也可用于此，產物通過膜彌散的同時內毒素卻被膜扣留。為了使蛋白質產物也能順利彌散出來，膜的孔徑必須大于相對分子質量100000的蛋白質的直徑。在蛋白質存在的情況下，內毒素聚合物分離而成為較小的單體，正如在EDTA或膽酸存在的情況下一樣，內毒素單體和蛋白質在大小上相接近，兩者均能通過超濾膜。

1998年，Li和Luo找到了一個提高蛋白質分離度的方法，他們在含85mmol/L血紅蛋白和5mol/ml內毒素的溶液中加入45mmol/L的Ca²⁺以改變內毒素溶液的結構，使之成為大的聚合體從而減少內毒素量至6ng/L。用相對分子質量為300000的超濾膜可以使血紅蛋白透過。但是這種方法對于那些溶解度受高Ca²⁺濃度影響小的蛋白質來說，使用價值有限。