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快速基因條碼NextGenPCR和MinION在生態樣本進行物種級分類的應用

瀏覽次數:770 發布日期:2023-9-1  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

DNA 條碼可用于標本樣本的物種級分類,但很少用于需要在數小時內估計物種豐富度或鑒定害蟲或入侵物種的時間比較緊的項目。主要原因是現有的快速條形碼工作流程要么過于昂貴,要么只能由訓練有素的員工在裝備精良的實驗室中執行。 

德國萊布尼茨進化與生物多樣性科學研究所的綜合生物多樣性發現中心研發了一個簡單的工作流程。他們採用HotSHOT對樣本進行快速 DNA 提取、並利用MBS公司的NextGen PCR® 系統進行快速基因條碼及擴增基因片段,以及使用低成本 MinION 測序儀進行測序進行樣本測序。最後,他們在 6 小時內為 285 個標本生成和識別 250 個基因條碼來展示該方法的強大功能和高效性。他們們認為使用簡化的基因條碼工作流程使現在的物種級分類可以更快,更準確,并且具有足夠的成本效益。它應該在許多項目中取代形態物種分類。 

實驗流程時間表 (9.00 am – 15.00 pm)



 

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