天然BPI對各種光滑型革蘭陰性菌外膜LPS的親和力有很大差異，而對各種純化的游離LPS的親和力則基本相同。這表明細菌外膜上LPS分子的表型與游離LPS分子存在差異。前者通過脂質A區結合的長鏈脂肪酸﹐借疏水鍵與細菌外膜脂質雙分子層的外側緊密相連，因此位于菌體表面LPS最外層的長鏈特異性多糖可通過空間位阻作用，不同程度地干擾BPI及其rBPI23對LPS內核心和深部脂質A區的結合。鑒于各種革蘭陰性菌LPS內核心和脂質A區的結構基本相同，所以上述兩種抗菌蛋白對各種游離LPS的親和力基本相同。
 

這表明細菌外膜上LPS分子的表型構象與游離LPS分子有顯著差異。前者通過脂質A區結合的長鏈脂肪酸，借助疏水鍵與細菌外膜脂質雙層的外側緊密相連，因此位于菌體表面LPS最外層的長鏈特異性多糖可以通過空間位阻作用，不同程度地阻礙BPI及rBPI₂₃對LPS內核和深部脂質A區的結合。當細菌LPS從外膜脫落后，長鏈特異性多糖的空間位阻效應消失，原來靠近外膜脂質雙層的內核和脂質A區得以暴露，因此 BPI及rBPI₂₃可以不受任何阻礙而直接與之結合。

以宿主BPI作為保護劑，促使LPS形成LPS 聚集體，通過內化活動轉運到溶酶體內，在多種酶參與下將其降解，從而達到內毒素的解毒和清除效果，對于治療內毒素血癥具有重要意義。美國已經完成BPI的二期實驗，效果確切，目前正在進行BPI三期臨床試驗，有可能成為一種有效的內毒素治療手段，我們拭目以待。

BPI屬于宿主防御反應中的陽離子肽之一，利用其帶正電荷與LPS的帶負電荷的特點，可促使LPS間形成復合物，阻止LPS進行信號轉導，這樣即抑制了LPS的生物學效應。其實宿主中陽離子肽種類繁多，其氨基酸多半少于100個，典型的少于35個氨基酸，帶凈正電荷，通常為4個以上，這是因為存在過量的賴氨酸和精氨酸的緣故。陽離子肽能與抗生素發揮協同作用，具有顯著抗內毒素作用。但因為許多陽離子肽對機體具有明顯的毒性，因而限制了開發利用。