利用蛋白組+PRM驗證探究水稻耐重金屬脅迫的分子機制

瀏覽次數：1061　發布日期：2022-7-15　來源：中科新生命

鎘（Cd）污染對作物生長發育、食品安全和人類健康造成嚴重威脅，并成為潛在的農業和全球環境問題。鋅（Zn）被用于減少土壤和植物中Cd的積累。位于質膜（PM）上的蛋白質在植物逆境信號傳遞中起著重要作用。隨著植物對重金屬的吸收、運輸和耐受機制研究的深入，脅迫相關PM蛋白的研究意義日益凸顯。

2022年5月，中國水稻研究所林曉燕老師團隊在Journal of Hazardous Materials （IF 14.224）上發表題為“The potential role of plasma membrane proteins in response to Zn stress in rice roots based on iTRAQ and PRM under low Cd condition”的研究文章。該研究利用蛋白質組學和PRM靶向組學技術分析了低鎘條件下水稻根系質膜蛋白對鋅脅迫響應的差異變化，以及差異表達蛋白參與鋅-鎘轉運的響應機制，為進一步研究水稻耐重金屬脅迫、生長發育和代謝調控的分子機制提供了基礎數據參考。中科新生命為其提供了iTRAQ蛋白質組學和PRM靶向定量蛋白組學技術服務。

研究材料

實驗組（T）和對照組（CK）處理7天后的水稻根部PM蛋白，每組三個生物學重復

技術路線

步驟1：鋅對低鎘處理水稻幼苗鋅和鎘積累的影響；

步驟2：鋅脅迫下的定量蛋白質組學檢測；

步驟3：差異表達蛋白的生信分析；

步驟4：鋅-鎘轉運相關蛋白的研究；

步驟5：候選蛋白的PRM驗證。

研究結果

1. 鋅對低鎘處理水稻幼苗鋅和鎘積累的影響

低濃度的Zn促進了水稻幼苗中Cd的吸收和積累，導致Cd含量增加，抑制了水稻幼苗的生長（協同效應）;中等濃度的Zn抑制了Cd的吸收和積累，促進了幼苗的生長（拮抗作用）。但是，如果Zn濃度過高，雖然Zn可以抑制水稻中Cd的吸收和積累，但不利于水稻幼苗的生長，甚至對水稻幼苗產生較高的Zn毒性（拮抗作用）。

2. 鋅脅迫下的定量蛋白質組學檢測

通過iTRAQ蛋白質組學技術對PM蛋白進行定量檢測，并通過生物信息學分析經過CK和T4處理7天后的水稻根系。從CK水稻根中提取的PM蛋白樣品中共鑒定出14,326個肽段和4,008個蛋白質，其中192個上調，140個下調。

圖1 蛋白質組學鑒定數量和火山圖

3. 差異表達蛋白的生信分析

通過層次聚類分析可以看出對照組和處理組的每三個重復分別聚集在一起，具有很高的重復性。同時，兩組水稻根系蛋白質表達豐度和表達水平存在顯著差異。

圖2 差異表達蛋白層次聚類分析

對差異表達蛋白（DEPs）的生物學過程（BP）、分子功能（MF）和細胞組分（CC）進行GO注釋和功能富集度分析，發現PM蛋白對重金屬脅迫非常敏感，在響應重金屬脅迫和減輕重金屬的毒性作用方面起著重要作用。

圖3 差異表達蛋白GO注釋和富集分析

KEGG通路分析發現與植物代謝相關的DEPs主要參與谷胱甘肽代謝、苯丙酸生物合成、光合生物固碳等。谷胱甘肽常被用作植物各種代謝過程中的氧化還原活性劑和解毒化合物，也是運輸和生物合成的中間產物。在本研究中，高濃度鋅對水稻有較強的刺激作用，導致谷胱甘肽活性和含量增加，以抵抗鋅處理的毒性效應。富集分析發現，在重金屬處理下，鉑類耐藥性、α-亞麻酸代謝、內分泌和其他因素對鈣重吸收的調節、囊泡運輸中的圈套相互作用、類黃酮生物合成、ABC轉運蛋白和賴氨酸降解均受到顯著影響。