通過%Occupied&%Pass Filter散點圖優化NovaSeq6000和iSeq100上樣濃度
NovaSeq™6000和iSeq™ 100測序平臺使用的是有一定數量納米孔的patterned flowcell，文庫在孔中進行簇生成。正是由于這一特點，當比較同一測序平臺的測序結果時，不同批次測序之間的原始簇密度是相同的。為了優化NovaSeq™ 6000和iSeq™100測序平臺的上樣濃度，可以通過Sequencing Analysis View™ (SAV)軟件繪制% Occupied和% Pass Filter的散點圖來確定測序時上樣濃度屬于過低、最佳，還是過高。
若要查看“% Occupied”數據，NovaSeq™6000需要SAV版本在v2.4.5以上，iSeq™ 100則需要SAV 版本在v2.4.7以上。SAV安裝程序可以從 Sequencing Analysis Viewer Support 頁面下載：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html
關于如何創建% Occupied和% Pass Filter散點圖的視頻教程可以在這里找到 ↓↓↓↓
注:% Occupied這一指標不適用于Illumina其他測序平臺的數據。
繪制% Occupied和% Pass Filter的散點圖
01 將運行數據加載到SAV中，并選擇Imaging選項卡：
02 從工具欄中選擇散點圖繪圖工具，彈出一個繪圖窗口
03 在窗口右側的Data選項卡中，“X Values”選擇“% Occupied”，“Y Values”選擇“% Pass Filter”。散點圖將自動生成。
評估散點圖
上樣濃度過低：
從圖的左下到右上，點落在一條斜率為正的直線上，% Occupied和% Pass Filter的變化幅度較大。
最佳上樣濃度:
在散點圖中，點聚集為一堆具有正斜率的點，% Occupied和% Pass Filter的變化幅度較小。
上樣濃度過高:
點有一些輕微的負斜率、接近垂直，并且% Occupied高達90以上， % Pass Filter的變化幅度較大。
如果散點圖顯示上樣濃度過低或者過高，則需要分別提高或降低上樣濃度，以達到最佳上樣濃度。如果散點圖顯示的是最佳上樣濃度，那么在未來測序時類似大小的同一類型的文庫可繼續使用此上樣濃度。
掃描二維碼查看參考技術文檔：Cluster Optimization Overview Guide
