我們在開展異源基因表達實驗時，常常會遇到這樣的問題，就是異源基因在宿主細胞中的蛋白表達量很低。疑惑的是所表達的蛋白既不是毒蛋白，且所用的也是強啟動子，那為什么還會出現這種問題呢？這時候我們可以考慮是不是存在密碼子偏好性的問題，可以通過密碼子優化來提高異源基因在宿主細胞中的蛋白表達量。

什么是密碼子的偏好性
密碼子的偏好性是指不同生物在翻譯過程中對簡并密碼子的使用頻率存在差異，而在進化的過程中形成了一套與其相適應的常用密碼子。蛋白質在翻譯的過程中，是由tRNA轉運氨基酸至核糖體中，mRNA中的三聯體密碼決定氨基酸序列（圖1）。由于密碼子存在簡并性，因此同一種氨基酸可以由多個密碼子編碼。這意味著有61種可能的tRNA，而在生物體中都表達61種tRNA的可能性不高，并且每種tRNA的表達豐度也會存在差異。那當外源基因的密碼子所對應的tRNA在宿主細胞中的表達量低時，則會影響它的翻譯效率。
 

圖1. 肽鏈的合成過程（Image from Mariana Ruiz Villarreal）

什么是密碼子優化
密碼子優化是通過基因工程技術，根據宿主的密碼子偏好性調整基因的同義密碼子，達到消除稀有密碼子的目的，并且優化如mRNA二級結構和Motif等相關參數，從而提高翻譯效率。當異源基因在宿主中無法有效表達時，可以考慮進行密碼子優化，調整同義密碼子和相關的調控元件，提高翻譯效率。通過這種方法提高異源基因翻譯效率的報道已經很多。如為了在人胚胎腎細胞（HEK293T）中提高重組豬白細胞介素-7（pIL-7）的表達，崔丹等依據人密碼子的偏好對pIL-7基因進行了優化修飾，結果顯示，密碼子優化后pIL-7基因在HEK293T細胞中的表比野生型pIL-7基因的表達水平提高了2倍多，可見密碼子優化可明顯提高重組pIL-7在HEK293T細胞中的表達[1]。
 

圖2. 密碼子優化型IL-7基因表達水平與其野生型基因的比較[1]

密碼子優化需考慮的因素
密碼子優化需要綜合考慮多種因素，才能取得良好的優化效果。不是簡單地將外源基因的同義密碼子調整為宿主細胞中表達豐度高、使用頻率高的密碼子就能提高蛋白的翻譯效率，有時候效果往往會適得其反。因此密碼子優化并不是一個簡單的實驗。下面我們介紹密碼子優化時需要注意的主要因素：

1. 用宿主中最相似頻率的同義密碼子替換原序列密碼子。如上述所言，生物體翻譯過程中存在密碼子的偏好性，若是在基因的同義密碼子使用頻率與表達宿主相匹配的情況下，蛋白的表達水平則會顯著提高。匹配程度常用密碼子適應指數 （Codon Adaption Index，CAI）來表示，通常情況下，CAI≥0.80被認為是預測重組蛋白高效表達的標準。并且在設計時要避免連續兩個以上稀有密碼子同時存在，否則很可能會導致翻譯效率急劇降低，甚至可能會終止肽鏈的合成。

2. mRNA二級結構。mRNA的二級結構對翻譯效率具有一定的影響。當mRNA因其序列而形成復雜穩定的二級結構時，會降低翻譯效率。尤其是序列里有和核糖體結合位點或翻譯起始位點互作的序列，會阻止翻譯的進行，合理優化翻譯起始區的mRNA二級結構，將有效提高目的蛋白表達水平。

3. 避開某些限制性酶切位點。在密碼子優化時避免形成構建載體時所需要的酶切位點，以免酶切位點產生沖突，影響構建表達載體的操作。

4. GC含量要合適。GC含量能影響DNA的穩定性，間接影響基因的表達調控，當GC含量超過70%可能會降低蛋白的表達。

5. 調整Motif和剪切位點。如增強子、Shine-Dalgarno序列的特異核糖體結合序列、TATA box等順式作用原件能促進或者抑制基因的表達量。因此調整相關Motif能提高蛋白的表達量。而去除內含子屬性的剪接位點，也能提高蛋白表達成功率。

密碼子優化的風險
密碼子優化能夠提高蛋白質的翻譯效率，從而提高蛋白的表達量。但是改變密碼子也可能產生潛在不利的影響，如密碼子優化可能影響蛋白質的構象、折疊和穩定性等[2]。核糖體在肽鏈延伸的過程中可能減慢速度，不過這是肽鏈以正確折疊的重要步驟[3]。另外，不同的tRNA會影響翻譯的效率，這就可能影響核糖體對肽鏈的加工時間。

參考文獻：
[1]崔丹, 溫潔霞, 霍珊珊等. 密碼子優化提高豬IL-7在HEK293T細胞表達的研究[J]. 河北農業大學學報, 2017, 第40卷（6）:88-92.

[2]Mauro, Vincent P., and Stephen A. Chappell. “A Critical Analysis of Codon Optimization in Human Therapeutics.” Trends in Molecular Medicine, vol. 20, no. 11, 2014, pp. 604–613.

[3]Stadler, Michael, and Andrew Fire. “Wobble Base-Pairing Slows in Vivo Translation Elongation in Metazoans.” RNA, vol. 17, no. 12, 2011, pp. 2063–2073.

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