近來單細胞組學研究的發(fā)展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發(fā)現(xiàn)，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數(shù)據(jù)還原，結(jié)合已有認知可以大概推斷出來不同的細胞類群在原有組織中的情況。但真實的組成我們不能清晰描繪。因此，面對這樣的現(xiàn)狀，有沒有更好的解決方案呢？當二代測序近乎完勝基因芯片時，誰也不會想到，芯片會有一個華麗轉(zhuǎn)身，而這次，基因芯片將為二代測序的拓展研究發(fā)揮決定性的作用，這就是空間轉(zhuǎn)錄組測序研究的橫空出世--10x Genomics Visium空間基因表達解決方案。

空間轉(zhuǎn)錄組測序以冰凍切片為材料，解決了細胞解離和細胞活性要求的限制，也將樣本取下后到單細胞測序建庫留有足夠的時間。通過將冰凍切片進行組織染色和芯片的細胞捕獲，實現(xiàn)了同時對空間位置的保留和“單細胞”標記及基因表達檢測。

圖1 芯片組成與探針特點
 

后期通過將組織染色結(jié)果與基因表達矩陣的結(jié)合，實現(xiàn)細胞、基因表達、空間位置的3D建模，為正確識別組織中不同細胞的類型和基因表達特征提供了可能。

圖2 數(shù)據(jù)展示

 

通過空間轉(zhuǎn)錄組測序，結(jié)合后續(xù)的數(shù)據(jù)分析方案，可實現(xiàn)多種分析需求：組織區(qū)域中的基因表達展示，單個特定區(qū)域的基因表達模式分析，不同區(qū)域中基因表達模式比較和基于機器學習的細胞類型鑒定：

圖3 空間轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容
 

這款空間轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品的7大優(yōu)勢：

1.獲得多種樣品類型中完整組織切片的無偏倚和高通量基因表達分析；

2.檢查同一組織切片中的組織學和mRNA分布，并發(fā)現(xiàn)新的組織生物標記；

3.闡明生物學結(jié)構(gòu)并了解局部細胞在正常組織和患病組織中如何相互作用；

4.避免解離樣品以進行基因表達研究；

5.無需細胞亞型或細胞標志物先驗知識即可表征細胞群；

6.分析和了解基因表達異質(zhì)性及其對生物系統(tǒng)的影響；

7.通過添加基因表達信息來確認，表征或否定形態(tài)學結(jié)論。

 

該產(chǎn)品的特點獨一無二：

1.平臺穩(wěn)定，不需要單細胞解離；

2.組織兼容性強，大部分人，小鼠，大鼠組織都可用；

3.實驗周期短，一天可完成樣本到建庫；

4.針對新鮮冷凍樣品進行了優(yōu)化，石蠟樣本也適用；

5.一張芯片4個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域在6.5mm2區(qū)域上包含5000個條形碼化的mRNA捕獲點（每個斑點平均捕獲1-10個細胞，具體取決于組織類型）；

6.數(shù)據(jù)分析工具成熟，可用Space Ranger和Loupe Browser軟件進行可視化；

7.可輕松與當前用于組織分析的實驗室方法和工具有機結(jié)合；

8.高分辨率，高靈敏度。
 

圖4 基于空間小鼠大腦中的基因表達圖譜
 

這款產(chǎn)品這么優(yōu)秀，當然是一出世就受到了極大的關(guān)注，在人類圖譜計劃白皮書和RNA測序十年回顧綜述中，都分別提到了空間轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢和發(fā)展前景。嗅覺敏銳的您，趕快將心動轉(zhuǎn)化為行動，了解更多請致電：400-100-2131。

圖5 人類細胞圖譜計劃