配合力試驗設計，常用到的是1948年由Comstock 和Robinson提出的NCⅡ設計（North Carolinadesign Ⅱ）。配合力試驗，即便設計參數(shù)不同，也大致都是一組母本和另一組父本雜交，有的試驗設計含有正反交，測量后代F1的產(chǎn)量（或其他性狀），用后代表現(xiàn)來評價親本育種價值，選擇親本。

在一般配合力Σ效應=0的條件約束下，一個配合力試驗中獲得的效應值，只相對于該配合力試驗群體才有意義。

從另一角度來說，假設有兩個獨立的配合力試驗，母本都采用相同的一組材料（M群體），采用不同的兩組材料做父本（A群體、B群體），分別進行配合力試驗，兩組試驗都對母本材料進行一般配合力效應分析，結果一定不同，甚至兩個試驗分別得到的母本（M群體）一般配合力效應大小排序都不同。

如果A群體、B群體是測驗種，或是骨干親本自交系，就意味著育種者在設計配合力試驗之前，已經(jīng)進行了育種選擇，是測驗種決定了選擇結果，接下來的選擇工作更多的是沿著測驗種決定的選擇方向，進行積累和提高，進行差值選擇育種。

有的育種者會將上面試驗中的父本（A群體、B群體）干脆合為一個父本群體，只設計一個配合力試驗，豈不更好，這樣對母本（M群體）的評價一定會更可靠更全面。但受實際工作量，經(jīng)營成本制約，父本群體一定是有限的。

配合力方法的效應（離差）決定了每一步的選擇方向，而配合力試驗的效應直接受試驗群體父母本影響和左右，進一步說，這其中常用作父本的測驗種，可以說更多決定了一家育種單位育種工作的未來。如果兩家育種單位都使用同一材料做為測驗種，而且都依據(jù)配合力方法進行育種，在技術路線一直保持不變的情況下，理論上，若干年后，這兩家育種單位的品種會趨于同質化。這里的同質化跟套牌導致的同質化可不一樣。如果這樣的選擇積累確實體現(xiàn)了當下育種的最佳基因組合，那就在階段性平臺上徘徊，期待上新的臺階，如果不是這樣，那育種者最好為避免這樣的情況出現(xiàn)做好方法和技術準備，采用比一般配合力更有效的選擇策略------育種值或者考慮采用符合雜優(yōu)種質要求的差異化的測驗種。

配合力方法之對育種的作用，體現(xiàn)在用一般配合力選擇母本，持續(xù)提升母本的育種價值，用特殊配合力找尋父本，于是自然就演變出了SS-NSS的兩群雜優(yōu)育種模式。