進口熒光顯微鏡的基本構造是由普通光學顯微鏡加上一些附件的基礎上組成的。熒光光源—般采用超高壓汞燈(50一200W)，它可發出各種波長的光，但每種熒光物質都有一個產生熒光的激發光波長，所以需加用激發濾片，僅使一定波長的激發光透過照射到標本上，而將其他光都吸收掉。每種物質被激發光照射后，在極短時間內發射出較照射波長更長的可見熒光。

熒光具有專一性，一般都比激發光弱，為能觀察到專一的熒光，在物鏡后面需加阻斷濾光片。它的作用有二：一是吸收和阻擋激發光進入目鏡、以免于擾熒光和損傷眼睛，二是選擇并讓特異的熒光透過，表現出專一的熒光色彩。兩種濾光片必須選擇配合使用。