1977年，Sanger等人發展建立起來的一種DNA測序方法。
 
基本原理：
1.雙脫氧鏈末端終止法
雙脫氧鏈末端終止法通過使用鏈終止劑—類似于正常dNTP的2’,3’-雙脫氧核苷三磷酸(ddNTP)，將延伸的DNA鏈特異性地終止。其反應體系也包括單鏈模板、引物、4種dNTP和DNA聚合酶。共分四組，每組按一定比例加入一種 (ddNTP)，它能隨機滲入合成的DNA鏈，一旦滲入合成即終止，于是各種不同大小片段的末端核苷酸必定為該種核苷酸，可以從放射自顯影帶上直接閱讀DNA的核苷酸序列。

雙脫氧鏈末端終止法測序基本原理示意
 

雙脫氧鏈末端終止法特點
雙脫氧鏈末端終止法不僅具有化學測序法的優點，而且更適用于大規模的測序。但它要求有一個純凈的單鏈DNA模板和一個合成反應所需的特異性的引物。因此，早期的工作僅局限于單鏈噬菌體為模板，若干個不同的特定限制性內切酶酶解片段為引物，在模板鏈的不同部位引導合成，從而確定出噬菌體DNA的核酸序列。然而，對于大量存在著的天然雙鏈DNA分子，因沒有良好的制備產量和質量高的分離鏈的技術，而限制了雙脫氧鏈末端終止法的應用程度。
 
經典的雙脫氧鏈末端終止法測序技術的改進
標記物方面的改進： 由于放射性同位素對人體的危害，許多實驗室開始利用非放射性物質來取代放射性同位素。如生物素、地高辛、銀染法、熒光標記物等化學發光物生物素、地高辛、銀染法、熒光標記物等化學發光物 。在雙脫氧法測序時，它們作為標記物，示蹤測序反應的產物，最后通過酶顯色反應或者熒光信號顯示出測序的結果。這些方法比傳統的放射性同位素方法檢測容易、安全、快速、費用也低。
 
經典的雙脫氧鏈末端終止法測序技術的改進
電泳方法的改進: 電泳方法的改進主要采用毛細管電泳法。 毛細管電泳是被分離物質在毛細管中的電泳。1992年，Matnies等首先提出陳列毛細管電泳法，采用激光聚焦熒光掃描檢測裝置。25只毛細管并列電泳，每只毛細管在1.5小時內可讀出350bp。DNA序列分析效率可達6000bp/h 。
 
2.測序過程: DNA Sequencing with GenomeLab TM
1.分離純化模板DNA*
2.DNA模板定量分析*
3.測序反應*
4.測序反應后純化* *
5.On-line變性*
6.毛細管電泳和檢測*
7.數據分析*
 
分離純化模板DNA
• 1) 應用質粒提取試劑盒或者切膠純化的方法得到相應的質粒模板或者PCR產物；
• 2) 將DNA儲存在滅菌水里如ddH2O, 18.2MΩH2O超純水；
注意：不要使用 DEPC 處理的水，水中不能有EDTA ，否則將抑制測序反應
• 3) 通過紫外分光光度計定量DNA模板，DNA模板的濃度應該> 0.1ug/ul；
• 4) 通過瓊脂糖凝膠電泳檢查DNA模板的質量。
 
測序反應后純化
去掉反應產物中的dNTP,ddNTP 和鹽分
•  乙醇沉淀 ( 利用96 孔板離心機）

測序反應后純化
純化得到 DNA測序反應產物

DNA測序儀檢測
熒光標記的DNA鏈按從小到大的順序被毛細管電泳分離。

激光誘導的熒光終止劑被檢測器識別，直接閱讀DNA的核苷酸序列

 
Typical Sequencing Result