雙色同步成像最直接的思路就是用彩色相機，但如今絕大多數的彩色相機是在黑白芯片的基礎上將每個像素前添加濾光涂層（一般為紅、綠、藍三種，如下圖），此彩色濾光涂層使得不同的像素可以分別得到不同的顏色信息，最后合成出彩色的圖片。這樣的設計在明場成像（如HE染色，免疫組化切片）中不可或缺，但對于生物熒光信號的成像卻是有缺陷的。首先，濾光涂層的出現會吸收或反射部分入射光信號，降低整個芯片的靈敏度，在信號本來就較弱的熒光拍攝中會影響到成像信噪比；其次，由于不同像素前存在不同顏色的濾光涂層，對于單色光信號——比如熒光信號——的實際分辨率將被降低。換句話說，對于一臺140萬像素的彩色CCD相機，其真正能夠檢測到綠色熒光信號的像素僅有約70萬個像素，其余的70萬像素的綠光強度信息均為計算獲得（注：因為綠色為人眼最為敏感的顏色，所以一般彩色相機中以4個像素為一組，兩個像素采用綠色涂層，其余兩個像素則分別采用藍色及紅色涂層）。更重要的，如果采用這類彩色相機用于雙色熒光同步成像，一些顏色并不是紅綠藍三種顏色（對應彩色相機像素上的三種濾光涂層）的熒光探針將受到極大的限制。