經甲醛固定的部分組織細胞，因固定過程中可能會形成醛鍵或羧甲基而封閉部分抗原決定簇，使免疫組化標記敏感性明顯降低，因此在染色前，有些抗原需進行修復或暴露。

抗原修復方法可分為化學方法和物理方法。化學方法是以酶消化方法，常用胰蛋白酶及胃蛋白酶，配制濃度與消化時間要適度。常用的物理方法有單純加熱、微波處理和高壓加熱。在選用這三種方法時，浸泡切片的緩沖液的離子強度和pH、加熱的溫度和時間均影響著抗原修復效果。

抗原修復液的pH非常重要，有效的抗原修復pH要比修復液的化學成分更重要，同樣的修復液隨著pH的升高染色的強度逐漸增強，但最佳pH范圍為6.0-10.0。目前大家公認的最好的抗原修復液是pH6.0的檸檬酸鹽緩沖液和pH8.0的EDTA緩沖液。作為通用修復液堿性pH的修復液要比酸性的有效，而對固定很長時間舊的存檔組織，酸性pH的修復液則優于堿性的修復液。