在ELISA實驗中，樣本值低于空白值是一個經常性的問題。當樣本值較低接近試劑盒的靈敏度就容易發生樣本值低于空白值的現象，特別是在血清和血漿樣本的檢測。究其原因，主要在于兩個方面，一方面是誤差，另一方面是基質效應。下文逐個分析不同影響因素的原理、和解決方案。

一、誤差 Error

誤差分為三類，系統誤差、隨機誤差和過失誤差。這三類誤差中，系統誤差對樣本值和空白值之間的差異無影響。ELISA樣本值低于空白值在誤差方面主要來源于隨機誤差和過失誤差。

二、基質效應 Matrix Effect

分析中，基質指的是樣本中被分析物之外的組分，基質常常對分析物的分析過程有顯著的干擾，并影響分析結果的準確性，這些影響和干擾被稱為基質效應。ELISA試劑盒在開發過程中，標準品不能采用人或動物血清、血漿作為標準曲線的稀釋液，只能采用其模擬物。模擬物與被測樣本在蛋白豐度、復雜性、pH等因素都會存在差異。當樣本的基質與其模擬物相比，降低抗原抗體的結合，便產生了樣本值低于空白值的現象。造成樣本值無法計算出數值，或者數值為負。

目前最常用的去除基質效應的方法是，通過已知分析物濃度的標準樣品，同時盡可能保持樣本中的基質不變，建立一個校正曲線（Calibration Curve）。

當單個樣本或少量樣本值低于空白值時，可能是誤差原因，這時應增加重復，提高操作技能。當大量樣本都低于空白值時，應考慮基質效應的影響，建立校正曲線予以修正。