酸性水解是應用最為廣泛水解方法，可以使大多數氨基酸殘基完全水解，最通用的水解劑是6 mol/L HCI。

條件:6 mol/L HCI、真空、110℃.水解時間為20-24h。即可用于液相水解模式也可用于氣相水解模式。但在該條件下，天冬酰胺和谷氨酰胺分別被完全水解為天冬氨酸和谷氨酸，色氨酸則被完全破壞，半胱氨酸先用二硫代二丙酸、4一乙烯呲啶或碘代乙酸保護后水解方可測定，酷氨酸部分被水解液所破壞，絲氨酸和蘇氨酸被部分水解。有些脂肪族氨基酸殘基間的肽鍵難于裂解，可以通過延長水解時間如水解92h甚至120h來解決。

堿性水解一般選用NaOH和KOH作為水解劑。該水解方法是HCI水解的互補法。因為堿水解時，多數氨基酸遭到破壞或外消旋化，僅色氨酸是穩定的。所以此法僅限于測定色氨酸。

用一組蛋白酶水解肽鏈，特別適用于對化學水解敏感的氨基酸如天冬酰胺和谷氨酰胺的測定。水解過程中氨基酸不發生消旋化，幾乎可以保持所有的組成氨基酸不被破壞。但是因為酶水解條件溫和，對天冬酰胺、谷氨酰胺等皆無破壞作用，且反應需要較長的時間，水解不完全，酶本身也是蛋白質，對樣品的測定結果可能會有干擾。

微波輻射能水解，一般情況下190℃微波水解15分鐘肽類即可完全水解，導致完全水解的時間大大縮短。在微波輔助酸水解和微波輔助酶水解中，水解時間可從過去的幾十小時縮短到幾十分鐘。

總之，多肽合成藥物水解方式應根據其產品的性質、研究目的、可獲得的樣品量及少實驗室的具體條件采取適宜的水解方法。