質粒是一類雙鏈、閉環的DNA，大小范圍從1 kb至200 kb以上不等。通常情況下，質粒可持續穩定地處于染色體外的游離狀態，具有自主復制功能；但在一定條件下也會可逆地整合到宿主染色體上，隨著染色體的復制而復制，并通過細胞分裂傳遞到后代。

質粒已成為核酸克隆和測序最常用的載體。質粒DNA提取的產量和純度直接關系到下游實驗操作的成敗。提取質粒DNA的方法很多，目前應用最為廣泛的是堿裂解－中和法，其基本原理為：當菌體在NaOH和SDS溶液中裂解時，蛋白質與DNA發生變性；當加入中和液后，質粒DNA分子能夠迅速復性，呈溶解狀態，離心時保留在上清液中；蛋白質與染色體DNA不能復性而呈絮狀，離心時可沉淀下來。

質粒DNA的純化方法通常是利用了質粒DNA相對較小以及共價閉環這兩個性質，例如氯化銫-溴化乙錠梯度平衡離心、離子交換層析、凝膠過濾層析、聚乙二醇分級沉淀等方法。但這些方法相對昂貴或費時。對于小量制備的質粒DNA，經過苯酚、氯仿抽提，RNA酶消化和乙醇沉淀等簡單步驟即可去除殘余蛋白質和RNA，所得純化的質粒DNA可滿足酶切、轉化、探針標記、測序等要求。然而該方法耗時較長，需要接觸苯酚、氯仿等有毒溶劑，而且所提取的質粒 DNA有時不能被限制性內切酶完全消化，因此在追求效率的今天，這種方法已逐漸被質量可靠、快捷便利的硅膠膜離心吸附柱純化方法所代替。