顆粒

顆粒可以損壞泵和注射器。顆粒也可以堵塞色譜柱并且熔化它，這會導致回壓增大。顆粒還會表現為另一種固相，可能改變樣品的組分。

有機物

超純水中的有機物可能影響色譜峰的分離度和積分、可能導致鬼峰、還可能改變固定相的選測性以及影響色譜基線。

離子

離子濃度的改變會影響分離結果，部分能吸收UV的離子會對峰產生影響。某些有腐蝕性離子的還會降低高壓輸液泵等配件的使用壽命。

膠體

膠體會不可逆的吸附在固定相上面，影響柱的分離效果。

微生物

微生物會堵塞色譜柱，其代謝產物會增加有機物，顆粒等污染物。

瓶裝純凈水和蒸餾水是目前部分HPLC分析中使用的純凈水，由于瓶裝純凈水和蒸餾水均只是普通純水而不是超純水，水中仍含有少量離子和有機物等雜質，用以配制液相和洗脫液不僅可能污堵昂貴的色譜柱，也影響HPLC定出平坦的基線。

瓶裝純凈水的純化工藝，通常包括吸附、過濾、反滲透等，對顆粒性有機物的去除效果較好，但對微量離子及有機物的去除卻不能滿足高靈敏度的HPLC實驗之需求，并且，由于其包裝通常多為PVC瓶，透氧率高，同時存在一定的化學溶出量，從而污染瓶中的純凈水，尤其是保存一段時間后，水質下降更多，因此表現在HPLC色譜圖上，雖無特定吸收峰，但基線存在較嚴重的不穩干擾。

蒸餾水是指用蒸餾方法制備的純水。可分一次和多次蒸餾水。水經過一次蒸餾，不揮發的組分殘留在容器中被除去，揮發的組分進入蒸餾水的初始餾分中，通常只收集餾分的中間部分，約占60％，要得到更純的水，可在一次蒸餾水中加入堿性高錳酸鉀溶液，除去有機物和二氧化碳；加入非揮發性的酸（硫酸或磷酸），使氨成為不揮發的銨鹽。通過對雙蒸水進行HPLC檢測時發現，254nm和214nm在22-27分鐘時都出現較強的吸收峰，這表明有疏水性較強的有機物污染，其原因應是蒸餾過程的共沸現象導致了某些揮發性有機物去除不徹底。

超純水系統綜合了反滲透、離子交換、活性炭吸附、膜過濾、超濾及紫外光氧化等多種純化工藝，產水電導率達到18.2MΩ•cm, 產水水質超過國標一級水標準且穩定可測，超純水即取即用，不會因儲存引入污染，水質有保證，較之使用瓶裝純凈水或蒸餾水，更能滿足用戶高精度儀器分析的需要。