454測(cè)序協(xié)助發(fā)現(xiàn)皰疹樣病毒與熱帶珊瑚礁的大面積減少有關(guān)
為了確定病毒病原體對(duì)珊瑚健康衰退的影響，圣地亞哥州立大學(xué)的研究人員最近在Forest Rohwer博士的領(lǐng)導(dǎo)下，用454生命科學(xué)的Genome Sequencer系統(tǒng)對(duì)各種環(huán)境壓力下的Porites compressa珊瑚樣本進(jìn)行了宏基因組分析。此項(xiàng)研究的目的是重現(xiàn)目前熱帶珊瑚棲息地的生態(tài)變化，如pH降低、養(yǎng)分增加、溫度升高，進(jìn)而確定它們對(duì)珊瑚體內(nèi)病毒群體的影響。這些實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)在環(huán)境壓力大的Porites compressa珊瑚中，一種類似皰疹的病毒呈現(xiàn)高豐度水平。有趣的是，病毒序列在無壓力、健康的樣品中幾乎檢測(cè)不到。
盡管珊瑚是熱帶珊瑚礁系統(tǒng)的主要建造者，但人們對(duì)它們的微生物學(xué)還知之甚少。因此，珊瑚疾病的研究也只是局限在容易培養(yǎng)的細(xì)菌和真菌上。454測(cè)序的覆蓋深度及無需克隆步驟，讓它成為無偏向性的大量樣品宏基因組研究的理想選擇。在這項(xiàng)研究中，Genome Sequencer系統(tǒng)鑒定了15,000多個(gè)與珊瑚相關(guān)的病毒序列，其中皰疹病毒是最常見的。第一作者Rebecca Vega Thurber提到，“目前獲得的大量全面的測(cè)序數(shù)據(jù)讓我發(fā)現(xiàn)，這種相似性在整個(gè)皰疹病毒基因組都具有廣泛且深度的覆蓋，而不是由于數(shù)據(jù)庫的偏向性。”Rebecca Vega Thurber之前是圣地亞哥ForestRohwer實(shí)驗(yàn)室的成員，現(xiàn)在是佛羅里達(dá)國際大學(xué)生物學(xué)的助理教授。“更重要的是，這些序列讓我們用非傳統(tǒng)的方法去檢驗(yàn)和證實(shí)了壓力引起這些皰疹樣病毒產(chǎn)生的假
說。”
454生命科學(xué)的總裁及CEO-Christopher McLeod表示：“Rohwer博士關(guān)于氣候變化如何通過誘導(dǎo)這個(gè)系統(tǒng)中病毒群體改變，從而影響熱帶珊瑚礁的研究非常有趣而且重要。我們很高興看到利用我們454測(cè)序系統(tǒng)的長讀長和高通量進(jìn)行的宏基因組分析，能實(shí)現(xiàn)生物學(xué)全新領(lǐng)域的探索，如珊瑚病毒學(xué)，這在幾年前還無法實(shí)現(xiàn)。”
盡管還需要進(jìn)一步研究來了解這些病毒如何影響珊瑚的生理，但現(xiàn)在已很清楚環(huán)境壓力不僅導(dǎo)致珊瑚共生體喪失以及細(xì)菌和真菌疾病，還引起皰疹樣病毒的增加，這些變化共同作用或許可以解釋伴隨著海洋溫度升高和污染增加出現(xiàn)的珊瑚礁大量死亡的原因。
454生命科學(xué)是羅氏應(yīng)用科學(xué)旗下卓越的中心之一，開發(fā)并商業(yè)化了創(chuàng)新的454測(cè)序系統(tǒng)，用于超高通量的DNA測(cè)序。具體的應(yīng)用包括基因組的從頭測(cè)序和重測(cè)序、宏基因組學(xué)、RNA分析和DNA目標(biāo)區(qū)域的定向測(cè)序。454測(cè)序系統(tǒng)的特點(diǎn)是樣品制備簡單且無偏向性，讀長包括配對(duì)末端讀長超長且準(zhǔn)確度高。454測(cè)序系統(tǒng)的技術(shù)已經(jīng)催生個(gè)研究領(lǐng)域的幾百項(xiàng)經(jīng)同行評(píng)議的研究，例如癌癥和傳染病研究、藥物篩選、海洋生物學(xué)、人類學(xué)、古生物學(xué)等多個(gè)方面。
盡管珊瑚是熱帶珊瑚礁系統(tǒng)的主要建造者，但人們對(duì)它們的微生物學(xué)還知之甚少。因此，珊瑚疾病的研究也只是局限在容易培養(yǎng)的細(xì)菌和真菌上。454測(cè)序的覆蓋深度及無需克隆步驟，讓它成為無偏向性的大量樣品宏基因組研究的理想選擇。在這項(xiàng)研究中，Genome Sequencer系統(tǒng)鑒定了15,000多個(gè)與珊瑚相關(guān)的病毒序列，其中皰疹病毒是最常見的。第一作者Rebecca Vega Thurber提到，“目前獲得的大量全面的測(cè)序數(shù)據(jù)讓我發(fā)現(xiàn)，這種相似性在整個(gè)皰疹病毒基因組都具有廣泛且深度的覆蓋，而不是由于數(shù)據(jù)庫的偏向性。”Rebecca Vega Thurber之前是圣地亞哥ForestRohwer實(shí)驗(yàn)室的成員，現(xiàn)在是佛羅里達(dá)國際大學(xué)生物學(xué)的助理教授。“更重要的是，這些序列讓我們用非傳統(tǒng)的方法去檢驗(yàn)和證實(shí)了壓力引起這些皰疹樣病毒產(chǎn)生的假
說。”
454生命科學(xué)的總裁及CEO-Christopher McLeod表示：“Rohwer博士關(guān)于氣候變化如何通過誘導(dǎo)這個(gè)系統(tǒng)中病毒群體改變，從而影響熱帶珊瑚礁的研究非常有趣而且重要。我們很高興看到利用我們454測(cè)序系統(tǒng)的長讀長和高通量進(jìn)行的宏基因組分析，能實(shí)現(xiàn)生物學(xué)全新領(lǐng)域的探索，如珊瑚病毒學(xué)，這在幾年前還無法實(shí)現(xiàn)。”
盡管還需要進(jìn)一步研究來了解這些病毒如何影響珊瑚的生理，但現(xiàn)在已很清楚環(huán)境壓力不僅導(dǎo)致珊瑚共生體喪失以及細(xì)菌和真菌疾病，還引起皰疹樣病毒的增加，這些變化共同作用或許可以解釋伴隨著海洋溫度升高和污染增加出現(xiàn)的珊瑚礁大量死亡的原因。
454生命科學(xué)是羅氏應(yīng)用科學(xué)旗下卓越的中心之一，開發(fā)并商業(yè)化了創(chuàng)新的454測(cè)序系統(tǒng)，用于超高通量的DNA測(cè)序。具體的應(yīng)用包括基因組的從頭測(cè)序和重測(cè)序、宏基因組學(xué)、RNA分析和DNA目標(biāo)區(qū)域的定向測(cè)序。454測(cè)序系統(tǒng)的特點(diǎn)是樣品制備簡單且無偏向性，讀長包括配對(duì)末端讀長超長且準(zhǔn)確度高。454測(cè)序系統(tǒng)的技術(shù)已經(jīng)催生個(gè)研究領(lǐng)域的幾百項(xiàng)經(jīng)同行評(píng)議的研究，例如癌癥和傳染病研究、藥物篩選、海洋生物學(xué)、人類學(xué)、古生物學(xué)等多個(gè)方面。
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