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研究人員應用454 Sequencing System 對禽流感進行快速測序

瀏覽次數:4359 發布日期:2009-3-4  來源:本站 本站原創,轉載請注明出處

德國Institute of Diagnostic Virology, Friedrich-Loeffler-Institute Insel Riems 的一組研究人員最近開發了一種簡便快捷的用于Genome Sequencer FLX system 測序的人禽流感樣本制備方法。

H5N1 亞型高致病性禽流感病毒(HPAIV)作為一種潛在流行威脅已經引起了全球的關注,該病毒已經導致數百萬禽類死亡,并且大量病例報道該病毒已經引起致命的人類感染。病毒變異引起的致病性增強,意味著病毒對人類健康的威脅日益增加,這就要求發展出一種快速可靠的方法對
病毒突變進行深入詳盡的測序分析。Höper 及其他研究人員(1)設計了一種簡便靈敏的方法用于從HPAIV H5N1 RNA 樣品中制備測序文庫用于Genome Sequencer FLX instrument 測序。該方法將高通量454 測序技術完美的整合進分析過程,并且只需用到標準PCR 技術、制備Genome SequencerFLX 樣本及測序相關儀器,而無需其它儀器或分子生物學技術。

根據作者描述,該方法是第一種公開發布的使用Genome Sequencer FLX 對人源樣本的HPAIV H5N1 全基因組進行測序的方法。使用GS FLX System 對鳥槍文庫進行大量的平行測序能夠在一次檢測過程中生成多達500Mb 的原始序列數據。測序數據極大的覆蓋深度使得多個獨立讀數能夠代表每一個核苷酸。

Dirk Höper 談到 “該方法不僅毫不遜色于常規測序技術,而且勝過了先前對禽流感病毒紅血球凝集素基因診斷相關位點的Single-read 測序結果”。“我們的方法能夠對從常規樣品中獲取的HPAIV H5N1 全基因組進行測序,既不用對病毒在蛋或細胞培養基中進行培養,也無需克隆擴增cDNA。該方法能夠在3 天之內對多達8 個病毒全基因組進行測序,而且測序方法的深度也保證了測序結果的可靠性。該方法具有與常規診斷方法相整合的潛能。”該方法能夠簡便的用于不同HPAIV 亞類的檢測,能夠對病毒基因組全長進行測序。

“高度準確及快速檢測的特性使得454 測序技術成為醫學應用領域中理想的診斷手段。該項研究證明了我們的技術在未來的病毒學診斷應用領域中的巨大潛力。”454Life Science 主席及CEO Chris McLeod 說到。

作為羅氏應用科學卓越成員的454 Life Sciences 公司,研究發展了用于超高通量DNA 測序的創新454 測序系統并將其推向市場。其應用領域包括對基因組進行重測序及再測序,宏基因組學、RNA 分析以及目標DNA 區域測序。454 測序系統的特點在于其簡便一致的樣品制備方法,以及包括paired-end 讀取在內的高度準確的長測序結果。454 測序系統能夠滿足不同領域的數百種同行評審研究需要,包括癌癥及感染疾病研究、藥物發現、海洋生物學、人類學、古生物學以及更多領域的研究。更多信息,請查看http:///。



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